SNPs ANALYSIS AS A TOOL IN MOLECULAR GENETICS DIAGNOSTICS

Abstract

AbstrakSingle Nucleotide Polymorphism (SNP) merupakan variasi genetik yang ditemukan pada lebih dari 1% populasi. Haplotipe, yang merupakan sekelompok SNP atau alel dalam satu kromosom, dapat di turunkan ke generasi selanjutnya dan dapat digunakan untuk menelusuri gen penyebab penyakit (marker genetik). Artikel ini bertujuan menjelaskan aplikasi analisis SNP dalam diagnosis beberapa sindrom yang disebabkan gangguan genetik. Berdasarkan laporan studi terdahulu, sindrom yang disebabkan oleh UPD (uniparental disomy) maupun penyakit autosomal resesif yang muncul sebagai akibat perkawinan sedarah dapat dideteksi dengan SNP array melalui analisis block of homozygosity dalam kromosom. Kelebihan lain SNP array adalah kemampuannya dalam mendeteksi mosaicism level rendah yang tidak terdeteksi dengan pemeriksaan sitogenetik konvensional. Bahkan saat ini, SNP array sedang diujicobakan dalam IVF untuk mendapatkan bayi yang sehat. Hal ini dapat dilakukan dengan mendeteksi ada atau tidaknya gen tunggal penyebab penyakit pada embrio hasil bayi tabung sebelum embrio ditanamkan ke uterus. Analisis SNP dengan SNP array mempunyai banyak kelebihan dibanding metode pemeriksaan SNP lainnya dan diharapkan dapat digunakan secara luas dalam bidang diagnostik molekuler genetik di masa mendatang. Kata kunci: SNP, SNP array, block of homozygosity, diagnostik, penyakit autosomal resesif AbstractSingle Nucleotide Polymorphism (SNP) is a genetic variant with a frequency of >1% of a large population. Haplotypes, a combination of a set of SNPs/alleles that appear as "associated blocks" on one chromosome, tend to be inherited together to the next offspring and can be used as genetic markers to trace particular diseases. This article aimed at explaining of SNP analysis application in diagnosis of genetic-disorder related syndrome. Previous studies showed that syndromes caused by UPD or autosomal recessive disorder as a result of consanguineous marriage can be identified by SNP array through analysing block of homozygosity region in a chromosome. Another advantage of SNP arrays is its ability in detecting low level mosaicism which was unidentified by conventional cytogenetic examination. Nowadays, SNP arrays are included in IVF process to obtain a healthy baby. It can be done by detecting the absence or the presence of disease-causing single gene in an embryo before it implanted to the womb. SNP analysis with SNP array has many advantages over other SNP analysis methods and is therefore expected can be widely used in the future in the field of molecular diagnostic.

Identification of the Membrane-Associated Transporter Protein (MATP) Gene Polymorphism as Candidate Mutation for Albinism in Japanese Quail

“…The existence of haplotype groups illustrates the diversity that occurs in a population (Fakhri, Narayani, and Mahardika, 2015). Haplotypes that are passed onto offspring function as genetic markers for certain diseases (Rusnita, 2015). The haplotype groups and nucleotide variations obtained from nine quail samples are shown in Table 3.…”

Keragaman genetik ikan lemuru (Sardinella lemuru) di wilayah perairan Indonesia

“…Hasil sequensing DNA mitokondria yang telah di PCR selanjutnya diolah untuk didapatkan nilai keragaman haplotipenya (Hd). Haplotipe (Hd) merupakan sekumpulan alel dalam suatu organisme yang diwariskan oleh induknya dan dapat diturunkan kepada keturunannya (Rusnita, 2015). Nilai keragaman genetik inilah yang digunakan untuk menggambarkan keragaman genetik dari komoditas ikan (Akbar et al, 2014;Fakhri et al, 2015;Akbar & Labenua, 2018;Chandrasekar et al, 2019).…”