Kolaborasi interprofesional terbukti meningkatkan kualitas pelayanan kesehatan. Pendidikan interprofesional (IPE) di tahap pendidikan akademik dan klinik penting untuk menanamkan kemampuan kolaborasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui persepsi dan kompetensi IPE mahasiswa sebelum dan sesudah IPE rotasi klinik. Penelitian ini merupakan penelitian potong lintang yang dilakukan pada bulan November 2020 hingga Januari 2021 di Fakultas Kedokteran dan Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Malang (FK-FIKES UMM). Pengambilan sampel dilakukan dengan consequtive sampling. Penelitian ini melibatkan 278 mahasiswa dari tiga program studi yaitu, 152 mahasiswa kedokteran (54,7%), 80 farmasi (28,8%) dan 46 keperawatan (16,5%). IPE di rotasi klinik berlangsung selama dua minggu menggunakan metode pembelajaran aktif. Persepsi IPE diukur menggunakan Interdisciplinary Education Perception Scale (IEPS) sedangkan Interprofessional Collaborative Competency Attainment Survey (ICASS) untuk menilai kompetensi IPE sebelum dan sesudah IPE. Hasil menunjukkan bahwa jenis kelamin (p=0,033) dan persepsi (p=0,000) mempengaruhi kompetensi IPE sesudah IPE. Tidak didapatkan perbedaan persepsi dan kompetensi IPE antar profesi sebelum maupun sesudah IPE, namun semua mahasiswa mengalami peningkatan persepsi dan kompetensi secara bermakna. Di awal pembelajaran, persepsi (61,29±6,537) dan kompetensi IPE (121,92±14,039) mahasiswa kedokteran berada di urutan kedua setelah keperawatan. Setelah IPE, persepsi mahasiswa kedokteran menempati urutan tertinggi (65,22±8,63) sedangkan kompetensi IPE mahasiswa kedokteran berada di urutan terendah (126,08±4,345) dibandingkan dua kelompok lain. Jenis kelamin dan persepsi berperan penting untuk mempengaruhi kompetensi IPE. Upaya berkelanjutan diperlukan untuk membangun persepsi IPE agar dapat meningkatkan kompetensi IPE sehingga menghasilkan kolaborasi yang baik.