Pendidikan karakter telah ada sejak pendidikan itu lahir namun fakta sekarang ini kemerosotan moral menjadi permasalahan bahkan diseluruh belahan dunia. Adapun Pondok Pesantren Syaikh Zainuddin mendidik karakter salah satunya melalui tradisi berdoanya yang khas yang terus menerus diwariskan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penerapan pendidikan karakter melalui tradisi berdoa dan nilai-nilai karakter dalam tradisi berdoa. Metode penelitian ini jenis kualitatif metode studi kasus, perolehan data melalui teknik observasi, dokumentasi, dan wawancara. Teknik analisis data menggunakan prinsip Miles dan Huberman yaitu data collection, data display, data condensation, dan conclusion drawing/verification. Hasil dari penelitian ini adalah (1) pendidikan karakter melalui tradisi berdoa di Pondok Pesantren Syaikh Zainuddin Nahdlatul Wathan dengan penggunaan buku doa khusus susunan Maulanassyaikh, pelaksanaan berdoa dikaitkan dengan program, penggunaan teknis dalam berdoa, pelaksanaan doa berjamaah dan doa mandiri, serta memberikan bimbingan dzikir dan doa terhadap peserta didik. (2) terdapat 12 nilai karkater dalam tradisi berdoa di pondok pesantren syaikh zainuddin yaitu: Religius, jujur, disiplin, kerja keras, mandiri, demokratis, rasa ingin tahu, semangat kebangsaan, cinta tanah air, menghargai prestasi, gemar membaca, dan tanggung jawab. Adapun yang paling dominan dari 12 nilai karakter tersebut adalah nilai religius.