Strawberry vein banding virus isolates in eastern Canada are molecularly divergent from other isolates

Abstract

The complete sequence of a strawberry vein banding virus (SVBV) isolate collected in Nova Scotia, Canada, and designated NS8, was determined. The 7,856-nucleotide circular double-stranded DNA genome contains seven open-reading frames (ORFs), which is consistent with other SVBV isolates and other members of the genus Caulimovirus. Comparison of NS8 with other whole-genome sequences retrieved from databases revealed that NS8 shares the highest sequence similarity (96.5% identity) with isolate China (accession number HE681085) and the lowest (88.3% identity) with clone pSVBV-E3 (accession number X97304). Despite the overall high sequence similarity between NS8 and China, the coat protein encoding ORF IV of NS8 shares only 90.9% sequence identity with the China isolate. Phylogenetic analysis at the complete-genome level placed NS8 and all Chinese isolates in one clade and clone pSVBV-E3 in a separate clade. Interestingly, phylogenetic analysis of all available ORF IV sequences, including those retrieved from databases and newly sequenced samples in this study from Canada, revealed three distinct clades. All Canadian isolates grouped together as one clade, pSVBV-E3 and several others from Europe, Egypt and the USA grouped as a second clade, and isolates from China formed a third clade. These results demonstrate that SVBV is more divergent than previously reported.

Detecção molecular e análise filogenética da sequência parcial do gene da proteína do capsídeo do vírus da faixa das nervuras do morangueiro

“…Considerando que as entidades virais, aqui representadas pelas informações das sequências, apresentam ancestralidade comum e acumulam variações nucleotídicas ao longo do tempo evolutivo, medidas de distância representam importantes ferramentas para descrição da diferenciação genética dentro e entre grupos topológicos (KALINOWSKI, 2002;STRIMMER & VON HAESELER, 2009). O agrupamento entre isolados dos EUA e Egito foi previamente reportado com base em árvore NJ (DICKISON et al 2017). No entanto, diferentemente do exposto no presente trabalho, isolados da China e do Canadá formaram, anteriormente, dois clados distintos (DI-CKISON et al 2017), uma diferença que pode ser explicada pelo maior valor de distância genética dentro deste grupo (d = 0,0218).…”

“…O SVBV pertence ao gênero Caulimovirus (família Caulimoviridae), apresentando DNA circular de fita dupla com comprimento de ~ 8 kilobases (kb) e que codifica sete fases abertas de leitura (open reading frames -ORFs). Dentre as sete ORFs, a ORF1 codifica a proteína do movimento, responsável pelo movimento célula a célula, a ORF2 e a ORF3 codificam as proteínas relacionadas à transmissão por afídeos e a ORF4 codifica o gene da proteína do capsídeo (coat protein -CP), cuja função relaciona-se com a transmissibilidade do vírus (DICKISON et al 2017). A CP é o determinante primário da transmissibilidade e da especificidade de vírus por afídeos, com extrema importância para a ligação e liberação do vírion durante a transmissão (NG & PERRY 2004).…”

“…A CP é o determinante primário da transmissibilidade e da especificidade de vírus por afídeos, com extrema importância para a ligação e liberação do vírion durante a transmissão (NG & PERRY 2004). As CPs de alguns vírus são importantes para iniciar a infecção pelo movimento célula a célula, por isso se espera que as sequências desses genes possuam alto grau de conservação (DICKISON et al, 2017).…”

“…Abordagens filogenéticas são empregadas para comparar a evolução das sequências em genomas virais, elucidando as relações de ancestralidade na espécie e entre elas (JENKINS, 2002;EMBRA-PA, 2005b;YANG & RANNALA, 2012). Tais relações evolutivas, comparandose isolados de distintas localidades geográficas, podem indicar similaridade entre propriedades fitopatológicas, tornando-se importantes ferramentas para estratégias de controle destas doenças (GARCIA-ARENAL et al, 2001;DICKISON et al, 2017).…”

Functional Analysis of a Viral Promoter From the Strawberry Vein Banding Virus (SVBV) Chinese Isolate

“…The 35S promoter was originally identi ed in the CaMV genome, a virus known to infect mainly Cruciferae plants. Although both Strawberry vein banding virus (SVBV) and CaMV belong to the genus Caulimovirus, family Caulimoviridae [11][12][13], SVBV infects mainly strawberry and causes yellow vein banding and leaf twisting symptoms [11,12,14]. Genome of SVBV is a circular double stranded DNA of about 8 kilobases (kb) long and contains seven open reading frames (ORFs) [12].…”