Structural Analysis of an Equilibrium Folding Intermediate in the Apoflavodoxin Native Ensemble by Small-Angle X-ray Scattering

Ayuso-Tejedor, Sara; García‐Fandiño, Rebeca; Orozco, Modesto; Sancho, Javier; Bernadó, Pau

doi:10.1016/j.jmb.2010.12.027

Cited by 30 publications

(40 citation statements)

References 91 publications

(117 reference statements)

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…For many proteins, such partially folded intermediates are known to proceed via competing pathways to retain elements of the native state and can lead to the formation of native/non-native aggregates. [20][21][22][23][24][25][26][27][28][29] Higher resolution analytical and computational methods such as phi-analysis, 30 small-angle X-ray scattering (SAXS) 31 and nuclear magnetic resonance (NMR) 32 coupled with molecular dynamics (MD) simulations 33 have been used to provide detailed structural information concerning native states as well as partially altered intermediate conformations of many proteins. Experimental limitations such as the size of proteins, high material requirements, and low throughput, however, limit their application to routine analysis of such structures in large proteins such as mAbs.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Understanding the relevance of local conformational stability and dynamics to the aggregation propensity of an IgG1 and IgG2 monoclonal antibodies

et al. 2013

View full text Add to dashboard Cite

Aggregation of monoclonal antibodies is often a multi-step process involving structural alterations in monomeric proteins and subsequent formation of soluble or insoluble oligomers. The role of local conformational stability and dynamics of native and/or partially altered structures in determining the aggregation propensity of monoclonal antibodies, however, is not well understood. Here, we investigate the role of conformational stability and dynamics of regions with distinct solvent exposure in determining the aggregation propensity of an IgG1 and IgG2 monoclonal antibody. The temperatures employed span the pre-unfolding range (10-40 C) and the onset temperatures (T onset ) for exposure of apolar residues (~50 C), alterations in secondary structures (~60 C) and initiation of visible aggregate formation (~60 C). Solvent-exposed regions were found to precede solvent-shielded regions in an initiation of aggregation for both proteins. Such a process was observed upon alterations in overall tertiary structure while retaining the secondary structures in both the proteins. In addition, a greater dynamic nature of solvent-shielded regions in potential intermediates of IgG1 and the improved conformational stability increased its resistance to aggregation when compared to IgG2. These results suggest that local conformational stability and fluctuations of partially altered structures can influence the aggregation propensity of immunoglobulins.

show abstract

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Understanding the relevance of local conformational stability and dynamics to the aggregation propensity of an IgG1 and IgG2 monoclonal antibodies

et al. 2013

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…For F98N apoflavodoxin the MG is the only species that populates significantly at 25 °C. The solution structure of this MG, which is less compact than native protein (94), comprises all 5 α-helices and β-strands 1 to 4 and 5a of native apoflavodoxin as well as their packing. Strand β 4 and helices α 4 and α 5 are shorter than in native protein (93).…”

Section: Folding Of Other Flavodoxinsmentioning

confidence: 99%

The ribosome regulates flavodoxin folding

Houwman¹

View full text Add to dashboard Cite

“…O espalhamento de raios X a baixo ângulo, (SAXS -do inglês -small angle X-ray scattering) é uma técnica muito utilizada para o estudo de partículas cujas dimensões variam de dezenas a centenas de angstroms, dependendo da configuração da óptica experimental [44][45][46][47][48]. O SAXS é utilizado para determinar características estruturais destas partículas ou de aglomerados de partículas dispersos em solução.…”

Section: Espalhamento De Raios X a Baixo âNgulo (Saxs)unclassified

“…O SAXS é utilizado para determinar características estruturais destas partículas ou de aglomerados de partículas dispersos em solução. A técnica de SAXS também permite monitorar mudanças de conformação molecular, a predição de estruturas quaternárias em oligômeros, a verificação de transições conformacionais que ocorrem devido à interação com ligantes ou perturbações externas [44][45][46].…”

Section: Espalhamento De Raios X a Baixo âNgulo (Saxs)unclassified

“…Informações relevantes sobre a estrutura das partículas espalhadoras podem ser obtidas através do parâmetro estrutural raio de giro (R g ). De acordo com a aproximação de Guinier, para valores de q pequenos, quando q→0, a curva de intensidade pode ser descrita por uma função exponencial (equação 19, [44][45][46][47][48]). …”

Section: Espalhamento De Raios X a Baixo âNgulo (Saxs)unclassified

See 1 more Smart Citation

Estudo da estabilidade térmica da hemoglobina extracelular gigante de Glossoscolex paulistus (HbGp): efeitos do estado de oxidação do ferro do grupo heme, pH e presença de surfactante

Carvalho¹

View full text Add to dashboard Cite

AgradecimentosAgradeço! Aos meus pais Maria Gorete Pires Carvalho e José de Ribamar Gomes Carvalho e a minha esposa Sumária Sousa e Silva pela dedicação, carinho, motivação nas horas mais difíceis, sem eles não teria forças para seguir essa jornada; Ao Professor Marcel Tabak por sua orientação e pelos laços de amizade e respeito que se formaram nesta convivência e também pela oportunidade de poder desenvolver esse trabalho;A Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) pela bolsa de doutorado;Aos meus irmãos Genilson, Genilda e Gesilda pelo apoio, carinho e afeto que temos e pelas palavras amigas;Às minhas tias Eva (segunda mãe), Maria da Guia e Raimunda Teresa e os primos (as) Rita de Kássia, Karla Karolina, Raiza, Rairone, Railson, Amanda e Constância pelo apoio e carinho que sempre me motiva; Aos meus amigos de laboratório Adriano, Fernanda, Ana Eliza, Diógenes e Ezer Biazin, pelo apoio moral e pela contribuição direta e indireta na minha formação e neste trabalho. Obrigado em especial a vocês Adriano e Ezer Biazin; Aos meus amigos Orlando, Ana Célia, Adriane, Washington, Alexandre, Tairo, Adriana, Elenice, Jairo e Edvan pelas discussões bem humoradas e pela amizade; Aos professores Dr.(a) (s) Leandro R. S. Barbosa (IF-USP), Rosângela Itri (IF-USP), Patríca S. Santiago (UNESP-Registro), Carlos Ernesto Garrido Salmon (USP-Riberão Preto) e Tatiana Batista (UEL-PR) pelas discussões e colaborações durante meu curso de doutorado, que foi muito importante para minha formação; Ao Ezér Biazin, técnico do laboratório, por toda ajuda na parte instrumental e que sem nenhuma dúvida foi muito importante para o bom desenvolvimento deste trabalho e pela amizade que se construiu nestes cinco anos; A Andressa Patrícia Alves Pinto, técnica do laboratório de biofísica do IFSC por toda ajuda nos experimentos de CD que foi muito importante para o bom desenvolvimento deste trabalho; Ao Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), em especial ao Dr. Mateus Cardoso, coordenador da linha SAXS2, pelo auxílio na realização das medidas de SAXS;Ao pessoal da pós-graduação, Sílvia, Andréia e Gustavo, por toda a atenção, carinho e pelos bons serviços prestados;A dona Suely e seu José de Ribamar pelos conselhos e apoio nos momentos difíceis.

show abstract

Structural Analysis of an Equilibrium Folding Intermediate in the Apoflavodoxin Native Ensemble by Small-Angle X-ray Scattering

Cited by 30 publications

References 91 publications

Understanding the relevance of local conformational stability and dynamics to the aggregation propensity of an IgG1 and IgG2 monoclonal antibodies

Understanding the relevance of local conformational stability and dynamics to the aggregation propensity of an IgG1 and IgG2 monoclonal antibodies

The ribosome regulates flavodoxin folding

Estudo da estabilidade térmica da hemoglobina extracelular gigante de Glossoscolex paulistus (HbGp): efeitos do estado de oxidação do ferro do grupo heme, pH e presença de surfactante

Contact Info

Product

Resources

About