Mısır (Zea mays) insan ve hayvan beslenmesinin yanı sıra endüstrinin çok farklı kollarında da geniş bir kullanım alanına sahip önemli bir tahıl türüdür. Mısır tanesinin kimyasal bileşiminin bir kısmını oluşturan protein miktarı çevresel ve genetik faktörler sonucu değişmekle birlikte ıslah çalışmaları yardımıyla ihtiyaca yönelik olarak modifikasyona tabi tutulabilir. Yerel mısır popülasyonlarının protein miktarı ve protein fraksiyonları bakımından genetik çeşitliliğinin ve tanelerindeki kimyasal bileşimin değişkenliğinin saptanması oldukça önemlidir. Bu çalışmada yerel mısır popülasyonlarına ait 120 genotipte tanedeki albumin-globulin, glutelin ve zein içerikleri kantitatif olarak belirlenmiştir. Ayrıca, seçilen 30 genotipin SDS-PAGE analiziyle protein fraksiyonları moleküler ağırlıklarına göre tespit edilmiş ve kümeleme yöntemiyle istatistiksel olarak aralarındaki ilişkileri ortaya koyan bir dendrogram elde edilmiştir. SDS-PAGE analizi sonucu oluşan bantlar, albumin-globulin için 5-83 kDa arasında, glutelin için 9-71 kDa arasında, zein için 4-72 kDa arasında bulunmuştur. Protein fraksiyonları için kümeleme analizi ile oluşturulan akrabalık ağaçlarında genotipler ikişer ana grupta toplanmıştır. Kümeleme analizinin bir sonucu olarak, albumin-globulin için en benzer genotipler TR50515 ve TR38232 iken, zein ve glutelin için en benzer genotipler TR38451 ve TR44385'tir. Elde edilen veriler sonucu yerel mısır popülasyonlarının oldukça geniş bir varyasyona sahip olduğu ortaya koyulmuş ve farklı protein kalite özelliklerine sahip çeşitlerin geliştirilmesi için yürütülecek ıslah çalışmalarında kullanılabilecek genotipler tespit edilmiştir.