Introducción: En Costa Rica, el uso de estructuras agrícolas protegidas para la producción hortícola se ha incrementado en los últimos años, aunque existe poca información sobre su comportamiento microclimático. Objetivo: Nuestro objetivo fue evaluar el comportamiento de los patrones de flujo de aire y su efecto en la distribución espacial de la temperatura y la humedad relativa dentro de tres tipos de estructuras agrícolas protegidas diseñadas para sistemas agrícolas familiares. Métodos: El estudio se realizó en Guanacaste, Costa Rica, en la época seca de 2019, con un modelo de dinámica de fluidos computacional para el desarrollo de nueve simulaciones de estado estacionario. El modelo 3D se validó experimentalmente mediante la recopilación de información climática en cada uno de los prototipos de estructura. Resultados: Para las tres estructuras, los parámetros de bondad de ajuste entre datos medidos y simulados tuvieron error absoluto medio y error cuadrático medio de 0,21-0,44 °C y 1,65-3,40 % de humedad relativa. Los datos medidos y simulados tuvieron las mismas tendencias; los patrones de flujo de aire dentro de las estructuras dependieron en gran medida de la velocidad y dirección del viento externo. Las condiciones de temperatura y humedad relativa dentro de las tres estructuras tuvieron un comportamiento considerablemente homogéneo. Conclusiones: En las tres pequeñas estructuras agrícolas que probamos, usadas habitualmente en agricultura familiar, no se encontraron diferencias significativas del comportamiento térmico e higrométrico interno en estas condiciones de prueba.