Desde el Posclásico, sin saberlo, los agricultores mexicas aprovechaban la gran diversidad microbiana presente en el lecho de los lagos que utilizaban como sustrato en sus esquemas de producción agrícola. A través de los años, la agricultura mexicana evolucionó de forma exitosa a la intensificación del campo y logró incrementar significativamente la productividad agrícola. Sin embargo, la utilización incrementada de fertilizantes sintéticos como solución a los problemas de fertilidad del suelo condujo a elevados costos económicos, ambientales y sociales. El presente ensayo muestra una reflexión crítica sobre la situación actual en el uso de los biofertilizantes en el campo mexicano y consideraciones futuras para garantizar su uso exitoso, y así contribuir a la seguridad alimentaria nacional de forma sostenible.