O checklist de cirurgia segura da Organização Mundial da Saúde é uma ferramenta útil para diminuir eventos adversos em hospitais, porém sua implantação efetiva ainda é um desafio. Este estudo objetiva avaliar a adesão ao checklist em cirurgias urológicas e ginecológicas de dois hospitais de ensino em Natal, Rio Grande do Norte, Brasil. O desenho foi observacional transversal; selecionaram-se cirurgias eletivas, e a coleta se deu por meio de revisão de prontuários. Descreveu-se a adesão mediante a existência e qualidade do preenchimento do checklist, e analisou-se a associação de fatores estruturais e socioprofissionais valendo-se de análise de regressão múltipla. Das 375 cirurgias revisadas, 61% tinham checklist, e 4% estavam totalmente preenchidos. A existência do checklist se associou às cirurgias ginecológicas (maternidade) (OR = 130,18) e à maior duração da cirurgia (OR = 2,13), enquanto a qualidade do preenchimento se relacionou com as cirurgias urológicas (hospital geral) (β = 26,36). A adesão ao checklist precisa ser aprimorada, e as diferenças sugerem a influência das distintas estratégias de implantação utilizadas em cada instituição.