Le peuplement faunistique d'un hydrosystème est constamment soumis à la variabilité spatio-temporelle de l'environnement. Il en résulte que les espèces dominantes sont celles présentant les caractéristiques biologiques et les préférendums écologiques les plus appropriés aux différents types d'habitats de la mosaïque fluviale. Une approche multiparamétrique de description de l'état physique du milieu à partir de la prise en compte simultanée d'indicateurs de structure et de fonction des communautés d'invertébrés a été testée sur le Rhône Moyen. L'étude de quatre stations physiquement dissemblables situées dans deux secteurs court-circuités montre ainsi qu'à la structuration selon la vitesse du courant (unités fonctionnelles) correspond des différences trophiques et écologiques, tandis qu'à la structuration physique du milieu (secteur de cours d'eau) correspond des différences taxonomiques. La disponibilité en habitats pour les invertébrés est alors corrélée à la configuration du chenal du tronçon considéré. Les assemblages d'espèces répondent ainsi, au travers de leur occurrence et de leur abondance, à un gradient physique. Cette approche, prédictive et appliquée, mettant en parallèle constat biologique et structure physique des stations et des milieux, permet d'établir une typologie fonctionnelle des écosystèmes aquatiques considérés et de proposer une gestion intégrée adaptée aux problèmes posés (gestion des habitats et de leur biodiversité, restauration hydraulique et écologique des milieux, etc.).The aquatic communities of a hydrosystem are constantly subject to the space-time variability of the environment. As a result, the dominant species are those presenting the biological characteristics and the ecological preferences best adapted with the various types of habitats of the river mosaic. A multiparametric description of physical structure from macroinvertebrate communities, taking into account both indicators of structure and functioning of these communities, was tested on the Middle Rhône River (France). The study of four physically dissimilar stations located in two by-passed sections showed that the arrangement due to the current velocity (functional units) corresponded to trophic and ecological differences, whereas the arrangement due to physical conditions (reach of river) corresponded to taxonomic differences. The availability in habitats for the invertebrates was correlated with the configuration of the channel of the section considered. The patches of species answered thus, through their occurrence and their abundance, to a physical gradient. This approach, predictive and applied, with parallel between the biological report and the physical structure of the stations and the environments, makes it possible to establish a functional typology of the aquatic ecosystems considered and to propose an integrated management adapted to the problems arising (management of the habitats and of their biodiversity, hydraulic and ecological restoration of the environments, etc)