La Orinoquia andina en Colombia ha sido muy afectada por la intervención antrópica. Aunque se han realizado ejercicios de priorización de áreas importantes para la conservación que han incluido a los peces de agua dulce, estos sólo han tenido en cuenta variables como la riqueza, endemismos y estatus de amenaza, que resultan insuficientes para representar la variabilidad geográfica y los patrones de distribución de las especies. En este trabajo, se propone una priorización para la conservación de los peces en la Orinoquia andina a partir de tres enfoques: identificación de áreas de endemismo, riesgo y complementariedad. Los tres enfoques coinciden en la priorización de la subcuenca del río Ariari como la más importante para la conservación de los peces, seguida por la subcuenca del río Guamal, abarcando en conjunto el 72,35 % de la ictiofauna de la Orinoquia Andina. Aunque el 47,07 % del área de estudio pertenece a algún tipo de área protegida, solo el 0,97 % de los registros de peces provienen de áreas protegidas nacionales y el 14,8 % de áreas regionales, resaltando el bajo conocimiento de la diversidad de peces en estas áreas. Se exhorta a las autoridades ambientales, institutos de investigación y universidades, a realizar investigación básica en las áreas protegidas, que permitan conocer su riqueza y analizar su efectividad para conservar la ictiofauna.