Taxonomic reorganization of family Partitiviridae and other recent progress in partitivirus research

Nibert, Max L.; Ghabrial, Said A.; Maiß, E.; Lesker, Till Robin; Vainio, Eeva J.; Jiāng, Dàohóng; Suzuki, Nobuhiro

doi:10.1016/j.virusres.2014.04.007

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“…Betapartitivirus com vírus que infectam plantas e/ou fungos; Gamapartitivirus com vírus que só infectam fungos; Deltapartitivirus com vírus que só infectam plantas e o vírus do gênero Cryspovirus que infectam protozoários (Nibert et al 2014).…”

Section: Família Partitiviridaeunclassified

“…A ORF codifica uma RNA polimerase viral dependente de RNA (RdRp) e a que codifica a proteína do capsídeo (CP), respectivamente. As partículas dos vírus são isométricas com diâmetros entre 25 e 40 nm e são encapsulados separadamente tornando estes vírus bipartidos (King et al, 2011;Nibert et al, 2014).…”

Section: Família Partitiviridaeunclassified

“…No caso de partitivírus, a transcriptase parece ser semiconservativa, o que significa que o RNA positiva é sintetizado de novo e retido dentro da partícula como parte de dsRNA enquanto que o dsRNA genômico positiva, é expelido e usada na tradução por ribossomos e / ou empacotada para uma nova partícula de partitivírus (Nibert et al, 2014) …”

Section: Família Partitiviridaeunclassified

“…A) Diagrama dos segmentos do genoma que codificam RdRp (dsRNA1) e CP (dsRNA2) são empacotados dentro capsídeos, separadamente formadas por múltiplos (total 120) cópias da CP (cinza claro). Um ou duas cópias de RdRp (cinza escuro) também são empacotadas dentro de cada capsídeo, presumivelmente ligada à superfície interior da capsídeo e associada a extremidade do segmento genômico (incluindo o 3' terminal da menor cadeis de RNA, que serve como molde para a iniciação da transcrição) (Nibert et al, 2014). B) Esquema representativo do genoma de dsRNA da família Partitiviridae, constituído por duas moléculas de RNAs, com cada segmento genômico monocistrônico.…”

Section: (Figura 8)unclassified

“…Os vírus do gênero Deltapartitivirus só infectam plantas (Nibert et al, 2014) e já foram descritos em diferentes famílias de plantas, mas não causam sintomas visíveis (Ghabrial et al, 2005). São transmitidos através de semente e ainda que tenha titulação alta não podem ser transmitidos por enxertia ou inoculação mecânica.…”

Section: (Figura 8)unclassified

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Detecção e análise filogenética de vírus em melancia e construção de novos vetores virais para expressão de proteínas em células de inseto

Quirino¹

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por estar sempre disposto a me ajudar e principalmente pelo incentivo nas horas difíceis.Aos membros da banca por aceitarem gentilmente a participar da minha Defesa de Tese e por contribuírem para o melhorar o trabalho.À Universidade de Brasília pela oportunidade de crescimento profissional.À CAPES, pelo apoio financeiro.A todos que de alguma forma contribuíram para a minha formação. ......................................................................................... 31 1.2.2 Família Bunyaviridae ........................................................................................ Closterovírus são transmitidos por afídios; ampelovírus por cochonilhas e crinivírus por mosca branca. Os vetores do velarivírus não são conhecidos (Martelli et al., 2002;. Exceto para velarivírus, todos são transmitidos de forma não persistente independentemente do tipo de vetor e são patogênicos para uma ampla gama de culturas herbáceas e lenhosas, a que podem causar grandes danos. Distintos geminivírus podem infectar plantas monocotiledoneas, dicotiledoneas e também são encontrados em infecções mistas (King et al., 2011). São vírus importantes, dos quais causam sérios prejuízos sobre ampla variedade de plantas, sendo considerada a segunda família mais numerosas entre os fitovírus, ultrapassada apenas pela famíliaPotyviridae. As doenças causadas por geminivírus, provavelmente podem ter surgido devido a diferentes fatores, abrangendo também a recombinação de diferentes geminivírus co-infectando uma planta e, com isso possivelmente surgindo vírus mais 36 virulentos (Briddon et al., 1996). Família LuteoviridaeOs membros da família Luteoviridae pertencem aos gêneros Luteovirus, A poliproteína é clivada por três proteases codificadas pelo próprio vírus denominadas P1, HC-Pro e NIa, atuando em locais específicos em cada espécie. As proteases P1 e HC-Pro autoclivam-se e a NIa está envolvida em seu próprio processo de clivagem em cis e em seis clivagens adicionais em trans, no total de oito a dez peptídeos maduros (Adams et al., 2005; Chung et al., 2008;Azad et al., 2014) (Tabela 2). 39Tabela 2: As propriedades das diferentes proteínas de potyvírus (adaptda King et al., 2011; Chung et al., 2008). Proteínas Funções P1 (32-64 K) O primeiro produto da poliproteína potyviral, é uma proteína cujas funções durante o ciclo de infecção são desconhecidas;  Contribui para o ciclo de infecção do vírus, mas não é essencial;  Um domínio carboxi terminal de serina-protease que catalisa a sua clivagem a partir do próprio poliproteína viral;  Exibe forte de atividade de ligação ao RNA;  Tamanho das sequências nucleotídicas, são variáveis em diferentes espécies do género. HC-Pro (56-58 K) "Helper componentproteinase" Uma cisteína proteinase que auto-cliva a poliproteína viral no C-terminal;  Sintomatologia  Transmissão pulgão  Circulação sistêmica  Inibe a defesa do hospedeiro, supressão de silenciamento gênico P3 (37 K)  Patogenicidade planta;  Possivelmente âncoras para o complexo de replicação na membrana. 6K1Funcionalidade de...

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Quirino¹

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Metagenomic Analyses of Viruses in the Orchid Mycorrhizal Interaction Using Improved Assemble Tools

Kambara,

Shimura,

Fujino

et al. 2023

Methods in Molecular Biology

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Metagenomic Analyses of the Viruses Detected in Mycorrhizal Fungi and Their Host Orchid

Shimura

Masuta

Koda

2018

Methods in Molecular Biology

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In nature, mycorrhizal association with soilborne fungi is indispensable for orchid families. Fungal structures from compatible endo-mycorrhizal fungi in orchid cells are digested in cells to be supplied to orchids as nutrition. Because orchid seeds lack the reserves for germination, they keep receiving nutrition through mycorrhizal formation from seed germination until shoots develop (leaves) and become photoautotrophic. Seeds of all orchid species surely geminate with the help of their own fungal partners, and this specific partnership has been acquired for a long evolutional history between orchids and fungi.We have studied the interactions between orchids and mycorrhizal fungi and recently conducted transcriptome analyses (RNAseq) by a next-generation sequencing (NGS) approach. It is possible that orchid RNA isolated form naturally grown plants is contaminated with RNAs derived from mycorrhizal fungi in the orchid cells. To avoid such contamination, we here prepared aseptically germinated orchid plants (i.e., fungus-free plants) together with a pure-cultured fungal isolate and field-growing orchid samples. In the cDNA library prepared from orchid and fungal tissues, we found that partitivirus-like sequences were common in an orchid and its mycorrhizal fungus. These partitivirus-like sequences were closely related by a phylogenetic analysis, suggesting that transmission of an ancestor virus between the two organisms occurred through the specific relation of the orchid and its associated fungus.

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