Introdução: as fissuras labiopalatinas são as malformações craniofaciais mais frequentemente identificadas em recém-nascidos vivos. De maneira geral, o tratamento das fissuras objetiva corrigi-las cirurgicamente, bem como corrigir os problemas associados, como alterações nas funções da deglutição, mastigação, sucção, audição, fala entre outras consequências que possam surgir. Objetivo: discorrer sobre a atuação e o papel do fonoaudiólogo em equipe multidisciplinar de um centro de reabilitação em anomalias craniofaciais, com enfoque na fissura labiopalatina. Metodologia: trata-se de um relato de experiência produzido a partir das vivências profissionais da equipe de fonoaudiologia em um Centro de atenção e Pesquisa em Anomalias Craniofaciais. Resultados e discussão: a atuação fonoaudiológica no tratamento especializado das fissuras labiopalatinas é complexa e processual, sendo realizado um acompanhamento longo, no qual os resultados são uma combinação de fatores, como o envolvimento e assiduidade familiar no tratamento, colaboração do paciente, cirurgias e a atuação de cada profissional da equipe. O resultado final do tratamento deve refletir na qualidade de vida e desenvolvimento geral do paciente. Conclusão: entende-se como fundamental a participação do fonoaudiólogo neste processo, com atuação ativa desde o início do tratamento, visando contribuir no desenvolvimento das habilidades comunicativas em geral, bem como detectar possíveis alterações e intervir precocemente.