The contribution of various mechanisms to mRNA diversity of human fusion oncogene RUNX1-RUNX1T1

Abstract

In this work, we used a comprehensive set of the fusion oncogene RUNX1-RUNX1T1 alternative exons to analyze the patterns of its mRNA generation. We found that the waste majority of alternative exons are modified variants of canonical exons, and the transcripts, including such exons, have a very low expression level. The «hot regions», including exons 4a, 6, 8b, 9, 11 and 12, produces about 80 % of such variants. Also we described a new transcription start region of RUNX1-RUNX1T1 and provide the evidences of co-expression of the fusion RNAs with normal and shortened 3′-UTRs in leukemic cells.

Comment of the authors on the article «The contribution of various mechanisms to mRNA diversity of human fusion oncogene RUNX1-RUNX1T1»

“…Ранее в издании «Журнал Белорусского государственного университета. Биология» (2019, № 2) была опубликована статья «Вклад различных механизмов генерации альтернативных транскриптов в разнообразие мРНК гибридного онкогена RUNX1-RUNX1T1 человека» [1]. За время, прошедшее с момента публикации, авторами накоплен новый материал, который может представлять интерес для научной общественности.…”

“…В первую очередь ошибочным оказалось утверждение о неспособности обратной транскриптазы RevertAid (Thermo Fisher Scientific, США) генерировать артефакты, которые можно принять за результат альтернативного сплайсинга (см. [1], разделы «Оценка технического шума в экспериментальных данных» и «Идентификация основных мод альтернативного сплайсинга пре-мРНК гибридного онкогена RUNX1-RUNX1T1»). К сожалению, более тщательное изучение публикаций по данной теме показало, что этот фермент все же способен порождать такого рода ложноположительные результаты [2].…”

“…Тем не менее профиль распределения свободной энергии вдоль мРНК гибридного онкогена (см. [1], рис. 3) не относит экзон 12 к областям со сниженным значением энергии Гиббса.…”

“…Сайты полиаденилирования, которые фиксирует TAPAS, хорошо согласуются с предсказаниями сборщика транскриптома Cufflinks (см. [1], раздел «Вклад альтернативных промоторов и сайтов полиаденилирования в разнообразие альтернативных транскриптов гибридного онкогена RUNX1-RUNX1T1»). Так, сайты с координатами der8:91955045 и der8:91963506 для экзонов 17 и 17а соответственно фиксируются во всех образцах и в точности совпадают с концами длинных 3′-нетранслируемых областей (НТО), собранных Cufflinks.…”