El sitio Ramsar Humedales Chaco se caracteriza por su heterogeneidad ambiental y elevada diversidad de flora y fauna. Sin embargo, la fragmentación y homogeneización en estos ambientes tiende a afectar negativamente a taxones con baja abundancia o riqueza como los Thomisidae. En este trabajo se analiza la diversidad taxonómica de los ensambles de Thomisidae en ambientes con distintos grados de complejidad vegetal. Los muestreos se efectuaron durante los años 2013 a 2016 en pastizales, palmares, bosques abiertos y selvas de galería de siete localidades, mediante las técnicas de golpeteo de follaje, aspirado y observación directa. Se obtuvieron en total 464 individuos y 34 especies/morfoespecies pertenecientes a cinco subfamilias, siete tribus y diez géneros. Los ambientes boscosos mostraron baja diversidad taxonómica (Δ+) y altos valores de variación taxonómica (Λ+), ello refleja un árbol filogenético de Thomisidae poco uniforme debido a una sobrerrepresentación de Tmarus. La elevada riqueza de este género en los bosques sugiere que el mecanismo de ensamblaje del género posiblemente esté mediado por filtros ambientales, donde las condiciones bióticas favorecen la coexistencia de especies, los cuales les permiten sobrevivir en determinados hábitats. En los pastizales y palmares las especies estuvieron uniformemente representadas en el árbol filogenético. Los bosques degradados presentaron una estructura específica y taxonómica más cercana a los ambientes de pastizal y palmar. La inclusión de las relaciones filogenéticas en los análisis de diversidad podría ser clave a la hora de implementar planes de manejo y conservación.