La aprobación de las vacunas fue un tema que causó polémica en ciertas partes de la población a nivel global durante la pandemia del COVID 19. En ese contexto, este trabajo investigó la desconfianza ciudadana en la campaña de vacunación en Ecuador. Para ello, se tomó Twitter como herramienta para el análisis, y se revisaron todos tuits publicados en esta plataforma durante el Plan de Vacunación 9/100 relacionados con este tema. Tras filtrar los comentarios positivos de los negativos, se utilizó el análisis de contenido para identificar los argumentos más utilizados para rechazar o desconfiar de las vacunas o la campaña de vacunación. A continuación, se implementó el análisis del discurso para estudiar con más profundidad los comentarios negativos de los usuarios y hallar posibles ideologías subyacentes. Los resultados revelaron que los comentarios de rechazo o que reflejaron dudas en el Plan 9/100 representaron el 15 por ciento del total y que la mayoría de estos tuits se dirigieron a criticar la gestión administrativa de la campaña de vacunación. Aunque se detectaron creencias y actitudes en común entre los usuarios que publicaron tuits negativos, no se encontró una ideología estructurada subyacente a esta tendencia. Los hallazgos de este trabajo refuerzan la idea de la importancia de monitorear conversaciones ciudadanas en redes sociales en el contexto de temas salud pública, para así poder identificar las principales fuentes argumentativas de desinformación y escepticismo y preparar mecanismos de respuesta claros y oportunos.