El objetivo del presente trabajo fue establecer la frecuencia de genotipos de resistencia y susceptibilidad a padecer la enfermedad de scrapie en ovejas Junín. Se analizaron 56 muestras de sangre de ovinos de una unidad de producción privada de la región central del Perú. Se extrajo el ADN y los productos de PCR fueron analizados mediante digestión enzimática con endonucleasas de restricción que reconocen los polimorfismos del gen PrP. Se pudo identificar 4 de los 5 haplotipos reportados para el gen PrP: ARR (48.2%), ARQ (35.7%), AHQ (10.7%) y VRQ (5.4%). Además, se encontró 7 de los 15 genotipos reportados para el gen Prión: ARR/ARR (17.9%), ARR/AHQ (10.7%), ARR/ ARQ (42.9%), ARQ/AHQ (10.7%), ARQ/ARQ (7.1%), ARR/VRQ (7.1%) y ARQ/VRQ (3.6%). El 82.1% de las ovejas presentaron genotipos de resistencia a la enfermedad y el 17.9% presentó genotipos de susceptibilidad.