Objetivos. Estimar la carga de enfermedad por COVID-19 en el departamento de Nariño, Colombia, a partir del indicador años de vida saludables ajustados por discapacidad (AVISA) entre marzo del 2020 a agosto del 2021. Materiales y métodos. Con la información del sistema de vigilancia nacional SIVIGILA se hizo la descripción y caracterización de los casos de COVID-19 reportados entre marzo/2020 a agosto/2021, según grupos de edad, sexo, etnia, municipios de residencia y subregiones de Nariño. Se estimaron tasas crudas y de mortalidad acumulada por COVID-19 para las variables previamente descritas. Se calcularon años perdidos por muerte prematura (APMP) y años vividos por discapacidad (AVD). Se estimaron los AVISA totales mediante la suma de APMP + AVD. Estos se calcularon por sexo, etnia, grupo de edad y subregiones de Nariño. Se estimaron los riesgos relativos a partir de las razones de tasas (RT) e intervalos de confianza del 95% para las variables del estudio. Resultados. Las tasas de morbilidad, mortalidad y AVISA más altas ocurrieron entre febrero y septiembre del 2021, en hombres, en mayores de 70 años, del grupo étnico minoritario afrodescendiente y en las subregiones Centro, Obando y Juanambú. La carga de enfermedad por COVID-19 en Nariño en el periodo de estudio es atribuida a los APMP, los cuales explican más del 97% de la misma. Conclusiones. Este es uno de los primeros estudios de carga de enfermedad a nivel regional, realizados en Colombia, que emplea una metodología estandarizada para COVID-19. Esta medición generaría estimaciones que permitirían focalizar recursos de forma intersectorial, mitigar el daño a poblaciones y áreas geográficas determinadas, especialmente las más vulnerables.