Introducción: En la actualidad, la motivación del estudiantado se ha convertido en un tema de preocupación del profesorado. Partiendo de la Teoría de la Autodeterminación, la presente investigación considera tres tipos de motivación: la motivación intrínseca, la motivación extrínseca y la desmotivación, y plantea (1) identificar los tipos de motivación a los que el estudiantado está más sensible y (2) conocer su evolución a lo largo del cuatrimestre. Metodología: Para ello, se sometieron dos cuestionarios al alumnado de siete asignaturas de dos universidades públicas españolas al principio y final del cuatrimestre. En total, 105 estudiantes respondieron. Resultados: La desmotivación, aunque alta, baja durante el cuatrimestre y la motivación intrínseca domina a la extrínseca. También, muchas de las personas desmotivadas acabaron intrínsecamente motivadas, mientras que este tipo de motivación se asocia a mayores niveles de motivación en general. Discusión: Los hallazgos apuntan a una reducción de la desmotivación que debe llevar a aplicar nuevos métodos de enseñanza para fomentar la motivación estudiantil, como la realización de trabajos grupales o un feedback recurrente sobre los avances del estudiantado. Conclusiones: Aparece necesario el uso de métodos cualitativos que permitan tener conocimiento en profundidad de la motivación estudiantil.