O projeto de Transposição do Rio São Francisco poderá afetar os reservatórios receptores devido à modificação das características ambientais e a possível introdução de novas espécies, ocasionado a homogeneização biótica e das características da água. Este estudo teve como objetivo analisar a composição de peixes em três reservatórios (Santa Cruz, Umari e Pau dos Ferros) da bacia do Rio Apodi-Mossoró antes da transposição. A amostragem foi realizada trimestralmente em vários pontos, utilizando redes de emalhar. Os peixes foram identificados e avaliados quanto a sua origem (nativos, alóctones e exóticos). Para avaliar a eficácia da metodologia de captura, foram geradas curvas de acumulação de espécies para cada reservatório, estimando a riqueza de espécies ao longo dos meses. Foram registradas 22 espécies pertencentes a 11 famílias e três ordens, sendo 81,82% nativas, 13,64% alóctones e 4,54% exóticas. A ordem Characiformes foi a mais representativa, seguida por Perciformes e Siluriformes. As famílias mais diversas foram Characidae, Cichlidae e Loricariidae. Houve similaridade na abundância de espécies nativas, alóctones e exóticas entre os reservatórios. Considerando a escassez de estudos sobre a composição taxonômica em ecossistemas semiáridos, os resultados deste estudo fornecem uma referência importante para futuras pesquisas sobre a conservação de peixes nativos.