A cirurgia bariátrica é o procedimento indicado para o tratamento da obesidade, visando a melhora na qualidade de vida do paciente submetido à mencionada intervenção, quando alternativas clínicas não são bem-sucedidas. Esta cirurgia causa diversas mudanças na fisiologia do ser humano, principalmente gastrointestinal, e, devido a isso, têm critérios rigorosos de indicação para ser realizada. A presente revisão objetivou entender as mudanças fisiológicas, com enfoque na remissão de doenças crônicas e alterações na microbiota, além de identificar os principais indicativos para realização do procedimento. Foi realizado um levantamento bibliográfico nas bases de dados PubMed e Scielo, através de uma revisão sistemática de literatura, de publicações do ano de 2017 ao ano de 2022, nos idiomas português, inglês e espanhol. A partir disso, a cirurgia bariátrica promove mudanças fisiológicas importantes no paciente após o procedimento, tanto no aspecto de doenças crônicas quanto da microbiota gastrointestinal.