The Oral Microbiome Bank of China

Abstract

The human microbiome project (HMP) promoted further understanding of human oral microbes. However, research on the human oral microbiota has not made as much progress as research on the gut microbiota. Currently, the causal relationship between the oral microbiota and oral diseases remains unclear, and little is known about the link between the oral microbiota and human systemic diseases. To further understand the contribution of the oral microbiota in oral diseases and systemic diseases, a Human Oral Microbiome Database (HOMD) was established in the US. The HOMD includes 619 taxa in 13 phyla, and most of the microorganisms are from American populations. Due to individual differences in the microbiome, the HOMD does not reflect the Chinese oral microbial status. Herein, we established a new oral microbiome database—the Oral Microbiome Bank of China (OMBC, http://www.sklod.org/ombc). Currently, the OMBC includes information on 289 bacterial strains and 720 clinical samples from the Chinese population, along with lab and clinical information. The OMBC is the first curated description of a Chinese-associated microbiome; it provides tools for use in investigating the role of the oral microbiome in health and diseases, and will give the community abundant data and strain information for future oral microbial studies.

Age-related changes in production of short chain fatty acids by oropharyngeal microbiota in patients without respiratory tract and oral disorders

“…По достижении 14 лет доля уксусной кислоты снижалась с 87 до 80%. Это указывает на увеличение анаэробных бактерий и отражает микробиологические данные, полученные другими методами [3,4]. К этому же возрасту происходило статистически значимое снижение как абсолютной концентрации валериановой, капроновой и изокислот, так и их доли в общем пуле КЖК.…”

“…Изменения функциональной активности микробиоценоза ротоглотки происходят в соответствии с периодами становления иммунной системы, продукции IgA и секреции слюнных желез [3,4]. Концентрация КЖК в слюне значительно ниже, чем в желудочно-кишечном тракте [19], что связано с меньшим количеством бактерий, небольшим количеством и сроком пребывания пищевых субстратов в ротовой полости.…”

“…Микрофлора, колонизирующая слизистые оболочки и миндалины, поверхности зубов и десневые карманы, значительно различается [3]. В настоящее время получена информация о более 300 родов бактерий, выделенных из слюны и зубных бляшек [3,4].…”

“…Пре обла да ющ ие т а ксон ы п ри на д лежат к Firmicutes (род Streptococcus, семейство Veillonellaceae, род Granulicatella), Proteobacteria (род Neisseria, Haemophilus), Actinobacteria (род Corynebacterium, Rothia, Actinomyces), Bacteroidetes. В мазках со щек обнаруживается меньшее, а на поверхности зубов -наибольшее видовое разнообразие [3][4][5]. Слизистая оболочка щек, миндалин и нёба колонизирована аэробными видами, в основном Streptococcus spp., Neisseria spp., Corynebacterium spp.…”

Microbial characteristics of the DMFT index in a high HIV prevalence setting

“…It is noteworthy that there are very few studies on oral clinical metagenomics in LMICs, therefore information on powering of such studies is still limited 14 . Since this was study was exploratory in nature, a sample size that maximizes the total number of genera detected (richness) was critical.…”