Introducción: El Bajo Peso al Nacer (BPN) tiene múltiples causas y continúa siendo un problema que afecta diferentes regiones de Colombia. Objetivo: Determinar los factores asociados con BPN en el Hospital Universitario Departamental de Nariño. Materiales y métodos: Estudio de casos y controles que incluyó madres y recién nacidos, cuyo parto fue atendido entre noviembre de 2014 y junio de 2015. Resultados: El riesgo de BPN fue mayor en mujeres con edad entre 10-19 años (OR=7,79, IC95%=2,61-23,23), con antecedente de infección vaginal durante el embarazo (OR=4, IC95%=1,26-12,66), nivel educativo primaria incompleta (OR=10,93, IC95%=1,51-79,13) o primaria completa (OR=2,94, IC95%=1,06-8,13), afiliadas al régimen de salud subsidiado (OR=4,96, IC95%=1,71-14,41). El riesgo de tener un recién nacido con BPN se redujo un 10% (OR=0,90, IC95%=0,84-0,96) por cada incremento en una unidad de Índice de Masa Corporal y un 76% (OR=0,23, IC95%=0,16-0,34) por cada incremento en una semana de gestación. Conclusiones: La mayoría de factores de riesgo identificados pueden ser prevenidos o intervenidos precozmente desde un enfoque de salud pública.