Az Erzsébet Tudományegyetem pozsonyi, átmeneti budapesti majd pécsi tartózkodásának iratai az egyetem történetének elsődleges forrásai, de ezen túlmenően több politika-, társadalom-, oktatás- vagy mentalitástörténeti kutatás használhatja eredményesen azokat. Az iratoknak önmagukban tárgyi emlékekként is fontos szerepük van az egyetem identitásának kialakításában. E dokumentumok nagy része a PTE Egyetemi Levéltárában található és kutatható.
Az egyetem mint intézmény iratai közül a legfontosabbak az egyik legfontosabbak a vezetőtestületi jegyzőkönyvek: nem csak a szervezeti változások, az infrastrukturális és személyi döntések, de a leglényegesebb egyetempolitikai döntések legfontosabb tárai. A központi igazgatás, a karok, a Quaestura, a klinikák, a könyvtár és az egyéb egységek iratai mindennapi egyetemi élet részletgazdag forrásai. A hallgatói nyilvántartások adatgazdagságuk miatt a társadalomtörténeti kutatások fontos bázisai.
A magániratok legnagyobbrészt professzorok irathagyatékai, melyek a tudományos kapcsolatok és közélet fontos forrásai. Az aprónyomtatványok meghívók, plakátok, stb.) az egyetemi és tudományos életet reprezentálják.
A visszaemlékezések, interjúk és szépirodalmi művek – bár erősebb forráskritikával lehet alkalmazni azokat – számtalan olyan folyamatra térnek ki vagy olyan történéseket mesélnek el, melyek máshonnan nem megismerhetők, előadásmódjuk pedig a nem szakember számára is plasztikus képet fest a felsőoktatásnak erről az időszakáról.
Az egyetem pécsi működéséhez több folyóirat és kiadványsorozat is kötődött, amelyek az egyes karokon folyó tudományos munkába engednek bepillantást. A folyóiratok ekkoriban egy-egy jelentősebb tanárszemélyiség köré szerveződtek: a Minerva Thienemann Tivadar, a Pannónia Koltay-Kastner Jenő, később Halasy-Nagy József, a Műhely Koszó János, a Kisebbségi Körlevél Faluhelyi Ferenc szerkesztésében jelent meg. A hallgatók a Specimina elnevezésű disszertáció-sorozatban adták közre tudományos dolgozataikat, a hallgatói élettel kapcsolatos írásaikat pedig a különféle diáklapokban publikálták.