The spectrum of canSNP-genotypes as an indication of intraspecific genetic and phenotypic variety of Bacillus anthracis strains isolated in North Caucasus and in its adjacent territories

Abstract

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт, Российская федерация The sPecTrum oF cansnP-genoTYPes as an inDicaTion oF inTrasPeciFic geneTic anD PhenoTYPic VarieTY oF bAcILLuS ANThRAcIS sTrains isolaTeD in norTh caucasus anD in iTs aDJacenT TerriTories Koteneva e. a., Tsygankova o. i., Kalinin a. V., abramovich a. V. stavropol research anti-Plague institute, russian Federation пермский государственный медицинский университет им. академика Е. А. Вагнера, Российская федерация clinical course oF meningiTis causeD BY STREPTococcuS PNEumoNIAE in hiV-PosiTiVe PaTienTs nikolenko V. V., nikolenko a. V., sumlivaya o. n., Vorobyeva n. n., Belkina e. V. Perm state medical university named after e. a. Wagner, russian Federation цель исследования: изучение клинического течения мeнингитов, вызванных S. pneumoniae у пациентoв с Bич-инфекцией. В 2011-2016 гг. проведено клинико-лабораторное обследование 172 Вич-инфицированных больных с бактериальными гнойными менингитами, сформированы группы наблюдения (Вич-позитивные пациенты) и сравнения (Вич-негативные пациенты) с пневмококковыми менингитами. Установлено, что клинический вариант инфекционного процесса у Вич-позитивных пациентов, пораженных S. рnеumоniае, проявляется значимой тяжестью без выраженного «падения» CD 4 + -т-лимфоцитов крови. частота возникновения неврологических нарушений и летальности у Вич-позитивных больных выше, чем в общей популяции населения. Ключевые слова: ВИЧ-позитивные пациенты; менингиты, вызванные Streptococcus рneumoniaе

<i>Bacillus anthracis</i> strain differentiation based on SNP and VNTR loci

“…According to the literature, the B. anthracis strains circulating in the Russian territories of high anthrax risk are predominantly attributed to the A.Br.001/002, A.Br.008/009, B.Br.001/002, and A.BrAust94 genotypes (Eremenko et al, 2018;Kravets et al, 2018;Koteneva et al, 2019). In particular, the strains isolated in North Caucasus generally fall into canSNP clusters A.Br.008/009 and A.BrAust94.…”

“…In particular, the strains isolated in North Caucasus generally fall into canSNP clusters A.Br.008/009 and A.BrAust94. Genotype B.Br.001/002 also occurs in the Republic of Dagestan (Koteneva et al, 2019). The strains attributed to phylogenetic groups A.Br.001/002, A.Br.008/009, and B.Br.001/002 are the most common in Siberia and the Russian Far East (Eremenko et al, 2018;Kravets et al, 2018).…”

“…Three phylogenetic lines (A, B, and C) are commonly identified in today's research, which in turn form 14 phylogenetic groups as follows: A.Br.Ames, A.Br.Australia 94, A.Br.003/004, A.Br.Vollum, A.Br.005/006, A.Br.001/002, A.Br.Western, A.Br.WNA, A.Br.008/009, A.Br.011/009, B.Br.001/002, B.Br.KrugerB, B.Br.CNEVA, and C.Br.A1055 (Timofeev et al, 2018). According to the literature, the strains isolated in the Russian Federation belong predominantly to group B.Br.001/002 of line B and groups A.Br.001/002 and A.Br.008/009 of line A, and less often to A.BrAust94 (Eremenko et al, 2018;Koteneva et al, 2019).…”