The Trypanosoma rangeli histone H2A gene sequence serves as a differential marker for KP1 strains

Cuervo, Claudia; López, Manuel Carlos; Puerta, Concepción J.

doi:10.1016/j.meegid.2006.01.005

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“…However, Cl-snoRNA and intergenic spacer sequence identity was higher with T. cruzi homologues than with those of T. brucei; this finding agrees with previous reports revealing a closer T. rangeli and T. cruzi phylogenetic relationship than that between T. rangeli and T. brucei (Maia da Silva et al 2004, Diez et al 2005, Cuervo et al 2006.…”

Section: Discussionsupporting

confidence: 91%

Cl gene cluster encoding several small nucleolar RNAs: a comparison amongst trypanosomatids

Nocua

Gómez

Cuervo

et al. 2009

Mem. Inst. Oswaldo Cruz

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Section: Discussionsupporting

confidence: 91%

Cl gene cluster encoding several small nucleolar RNAs: a comparison amongst trypanosomatids

Nocua

Gómez

Cuervo

et al. 2009

Mem. Inst. Oswaldo Cruz

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“…Teniendo en cuenta que ensayos previos de reacción en cadena de la polimerasa de baja astringencia usando un único iniciador (LSSP-PCR) sugieren que la región intergénica del gen H2A puede constituir un marcador diferencial de cepas KP1(-) y KP1(+) del parásito (12), en el presente trabajo se utilizó dicha secuencia para aportar evidencias moleculares basadas en un gen nuclear que soporten la división de T. rangeli en las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+).…”

unclassified

La región intergénica del gen H2A apoya las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+) de Trypanosoma rangeli

2007

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Introducción. Con base en la amplificación del ADN de los minicírculos del cinetoplasto y de los genes miniexón, Trypanosoma rangeli ha sido clasificado en las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+). Objetivo. Comparar la región intergénica de los genes H2A entre cepas KP1(+) y KP1(-) de T. rangeli, con el fin de aportar evidencias a dicha división. Materiales y métodos. Se amplificó, clonó y determinó la secuencia de la región intergénica de los genes h2a de las cepas KP1(-) Tre y 5048 y de la cepa Choachí [KP1(+)]. Dichas secuencias, junto con las reportadas para las cepas C23 [KP1(-)] y H14 [KP1(+)], fueron utilizadas para la reconstrucción de árboles filogenéticos basados en los métodos de neighbor-joining, máxima parsimonia y máxima verosimilitud, utilizando la cepa Y de Trypanosoma cruzi como grupo raíz externo. Resultados. Se evidenció heterogeneidad intraespecífica en el tamaño de la región estudiada, soportados por valores bootstrap de 85% (neighbor-joining), 66% (máxima parsimonia) y 57% (máxima verosimilitud), los resultados indican que las cepas KP1(-) se agrupan aparte, claramente diferenciadas de las cepas KP1(+), las cuales presentan una mayor heterogeneidad intraespecífica en tamaño y secuencia. Además, se encontró mayor proximidad filogenética entre T. rangeli y T. cruzi que entre T. rangeli y Trypanosoma brucei. Conclusiones. Los análisis filogenéticos basados en la región intergénica de los genes h2a de las cepas estudiadas apoyan la división de T. rangeli en las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+). Sin embargo, se requiere estudiar un mayor número de cepas para confirmar estos hallazgos.Palabras clave: Trypanosoma/genética, ADN intergénico, genes, histonas/genética, secuencia conservada, filogenia. The intergenic region of the histone h2a gene supports two major lineages of Trypanosoma rangeliIntroduction. Trypanosoma rangeli has been classified in the KP1(+) and KP1(-) subpopulations, based on the mini-exon gene and kinetoplast DNA minicircle amplification profiles. Objective. The intergenic region of the histone h2a gene was compared between KP1(+) and KP1(-) strains of T. rangeli to substantiate this classification. Materials and methods. The amplification, cloning and sequencing of the h2a gene intergenic region was undertaken for the Tre and 5048 [KP1(-)] strains for comparison with the Choachí [KP1(+)] strain. These sequences, along with those previously reported for the KP1 (+) and KP1 (-) H14 and C23 strains, were used to reconstruct phylogenetic trees based on the "neighborjoining", maximum parsimony and maximum likelihood methods. The Y strain of Trypanosoma cruzi was chosen as the outgroup. Results. Intra-specific heterogeneity was observed in the size of the gene region under study, supported by bootstarp values of 85% (neighbor-joining), 66% (maximum parsimony) and 57% (maximum likelihood). The KP1(-) strains were grouped apart, clearly differentiated from the KP1(+) strains. The latter demonstrated a higher intra-specific heterogeneity, both in sequence length and composition. In addition, a...

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“…O gene de Histona 2 (H2A) de T. rangeli (isolado colombiano) 37 está organizado "in tandem" e localizado em cromossomos de ~1.9 Mb (PUERTA et al, 2000;CUERVO et al, 2006). Genes codificadores de H2A de isolados de T. rangeli KP1(+) e KP1(-) permitem diferenciar esses dois grupo, apesar de 99.5% e 95% de identidade entre regiões codificadoras e não-codificadoras respectivamente.…”

Section: Genes De Histona H2aunclassified

“…Genes codificadores de H2A de isolados de T. rangeli KP1(+) e KP1(-) permitem diferenciar esses dois grupo, apesar de 99.5% e 95% de identidade entre regiões codificadoras e não-codificadoras respectivamente. Diferenças na região intergênica também foram alvos de LSSP-PCR para diferenciar isolados KP1(+) e KP1(-) (CUERVO et al, 2006) e estudos posteriores confirmaram o dimorfismo do gene H2A entre isolados de T. rangeli, concordando com a variabilidade observada por kDNA e gene de mini-exon (SUAREZ et al, 2007). Seqüências do gene H2A foram empregadas para distinguir T. cruzi e T. rangeli em triatomíneos (PAVIA et al, 2007).…”

Section: Genes De Histona H2aunclassified

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Genes de cisteíno proteases (Catepsina L-like) de Trypanosoma rangeli: polimorfismo, relações filogenéticas e alvos para diagnóstico e genotipagem.

Vargas¹

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The Trypanosoma rangeli histone H2A gene sequence serves as a differential marker for KP1 strains

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