Objetivos: descrever parâmetros bioquímicos e antropométricos de acordo com a presença e ausência de doenças orgânicas em crianças com dificuldades alimentares. Materiais e métodos: Estudo transversal com dados retrospectivos de um ambulatório de dificuldades alimentares. Doença orgânica foi definida como qualquer condição de saúde na qual há um processo de doença observável e mensurável. Características sociodemográficas, peso e parâmetros bioquímicos foram extraídos da anamnese da criança relatada pelos pais/cuidadores. Parâmetros bioquímicos incluíram dados hematológicos, micronutrientes, índices inflamatórios, perfis lipídicos e glicêmicos. Estatística descritiva, teste de Wilcoxon foram utilizadas para verificar possíveis diferenças. Valores significativos de 5% (p<0,05) foram estabelecidos. Resultados: A média de idade foi de 3,97 (IC95% 3,60, 4,33) anos, 39,85% relataram apresentar doença orgânica e 70,12% eram seletivos. Crianças com doença orgânica apresentaram menores valores de peso e altura. A hemoglobina foi o único parâmetro bioquímico que apresentou associações significativas, onde 52,5% das crianças com doença orgânica apresentaram valores abaixo de 12,6mg/dL. Conclusão: Crianças com e sem doenças orgânicas apresentam poucas variações clínicas e bioquímicas. Isso pode ser devido ao papel secundário da doença orgânica no desenvolvimento de dificuldades alimentares durante a infância.