Perubahan metode pembelajaran yang harus diadaptasi dan tuntutan tugas yang banyak di masa pandemi Covid-19 memungkinkan menjadi salah satu faktor stres bagi mahasiswa. Upaya yang dilakukan mahasiswa dalam menurunkan stres dimasa pandemi salah satunya dengan memenuhi kebutuhan kesejahteraan spiritual. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara kesejahteraan spiritual dengan stres mahasiswa di masa pandemi Covid-19. Penelitian ini menggunakan desain cross sectional. Populasi penelitian adalah seluruh mahasiswa STIKES Guna Bangsa Yogyakarta. Sampel penelitian berjumlah 257 responden yang dipilih dengan teknik pengambilan random sampling. Instrumen yang digunakan adalah kuesioner Spiritual Well Being, Religious Well Being dan Extenstional Well Being. Metode analisis yang digunakan adalah uji korelasi spearman rank. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 90,3% responden memiliki kesejahteraan spiritual tinggi, sedangkan 9,7% memiliki kesejahteraan spiritual sedang. Dari aspek stres, 57,6% mengalami stres ringan, 40,1% stres sedang, dan 2,3% stres berat. Hasil analisis dengan uji korelasi spearman rank diperoleh nilai p= 0,000 (<0,05) dengan nilai correlation coefficient (R=-0,386) yang artinya memiliki keeratan hubungan dalam kategori lemah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ada hubungan yang signifikan antara kesejahteraan spiritual dengan stres mahasiswa di masa pandemi Covid-19.