Profissionais de Saúde vêm buscando formação em pesquisa na área de Ciências Sociais no âmbito dos programas de pós-graduação em Saúde Coletiva. Nesse processo, pesquisas de cunho antropológico, calcadas no método etnográfico, têm sido frequentes entre esses pesquisadores (de formação não antropológica). O objetivo deste artigo é refletir sobre a experiência de ensino e aprendizagem dos fundamentos teórico-metodológicos das pesquisas etnográficas em Saúde, tendo em vista nossa experiência docente. O principal desafio pedagógico consiste em não reduzir e banalizar a complexidade do método etnográfico com vistas à aplicação em demandas específicas para intervenção. Por outro lado, tornam-se imprescindíveis, nesse aprendizado (como profissionais de Saúde geralmente têm interesses de pesquisa engendrados em suas práticas profissionais, para além da necessária): a desconstrução do familiar, a relativização dos pressupostos biológicos e a apreensão das lógicas culturais entre usuários. Observa-se que tal incorporação evidencia uma possível indissociabilidade dialética entre teoria e práticas profissionais.