Os Sistemas de Informação em Saúde (SIS) são artefatos tecnológicos que respaldam gestores das três esferas governamentais a obter informações imprescindíveis para apoiarem a gestão e o planejamento do Sistema Único de Saúde (SUS). Neste estudo, foi escolhida a Teoria Institucional como lente teórica para analisar a incorporação de SIS na saúde pública brasileira, uma vez que pode existir uma influência direta do ambiente organizacional. Esta perspectiva possibilita encontrar explicações à influência dos fatores ambientais, sejam eles de cunho coercitivo, normativo ou mimético, no momento da decisão do uso de tecnologias em governos. O objetivo do artigo é verificar a influência desses fatores institucionais na utilização dos SIS pelas Secretarias Estaduais de Saúde (SES). Para atendimento do objetivo da pesquisa, optou-se por uma abordagem qualitativa, com estudos de casos múltiplos nas SES dos estados do Paraná e Rio Grande do Sul, tendo como unidade de análise o Sistema de Informações de Mortalidade (SIM) e o Sistema de Informações Hospitalares Descentralizado (SIHD). Com base no modelo conceitual proposto, foram apresentados diferentes fatores institucionais que influenciam na utilização dos referidos SIS, na forma de pressões coercitivas, miméticas e normativas.