Tracking the turnover of SARS-CoV-2 VOCs Gamma to Delta in a Brazilian state (Minas Gerais) with a high-vaccination status

Abstract

The emergence and global dissemination of SARS-CoV-2 variants of concern (VOC) have been described as the main factor driving the COVID-19 pandemic. In Brazil, the Gamma variant dominated the epidemiological scenario during the first period of 2021. Many Brazilian regions detected the Delta variant after its first description and documented its spread. To monitor the introduction and spread of VOC Delta, we performed genotyping-PCR and genome sequencing in ten regional sentinel units from June to October 2021 in the State of Minas Gerais (MG). We documented the introduction and spread of Delta, comprising 70% of the cases eight weeks later. Comparing the viral loads of the Gamma and Delta dominance periods, we provide additional evidence that the latter is more transmissible. The spread and dominance of Delta did not culminate in the increase in cases and deaths, suggesting that the vaccination may have restrained the epidemic growth. Analysis of 224 novel Delta genomes revealed that Rio de Janeiro state was the primary source for disseminating this variant in the state of MG. We present the establishment of Delta, providing evidence of its enhanced transmissibility and showing that this variant shift did not aggravate the epidemiological scenario in a high immunity setting.

Comparative epidemic expansion of SARS-CoV-2 variants Delta and Omicron in Amazonas, a Brazilian setting with high levels of hybrid immunity

“…This pattern contrasts with the exponential surge of SARS-CoV-2 cases due to the spread of Delta in Europe, North America, Africa, and Asia (Kupferschmidt & Wadman, 2021; Elliott et al, 2021; Dhar et al, 2021; Cherian et al, 2021; Bolze et al, 2022; Yang & Shaman, 2022; Wadman, 2021). However, it coincides with the pattern observed in other Brazilian states and South American countries (Giovanetti et al, 2022; Fonseca et al, 2022). A large fraction of the Amazonian population was probably infected by SARS-CoV-2 (⩾70%) (Buss et al, 2021; He et al, 2021a; Filho et al, 2021; Barber et al, 2022), and another fraction further received at least one dose of the SARS-CoV-2 vaccine (∼50%) previous to the onset of the Delta epidemic ( Fig.…”

Registros de casos acumulados e novos de variantes de preocupação do COVID-19, Brasil, 2021-2022: Ômicron, Gamma e Delta

“…1,3,7,9,16,18,22,39 Nesse enquadramento geográfico e, por conta do Brasil possuir fronteiras com outras dez (10) nações da América do Sul, é possível entender uma das principais razões, relacionadas à nação brasileira se constituir enquanto uma daquelas, que registrou uma das maiores frequências internacionais, de pessoas que vieram contraíram o COVID-19, em suas várias VOC, ou que faleceram em decorrência de suas complicações. 16,18,22,23,27 16.654,8 por 100.000 habitantes e mortalidade de 327,8 por 100.000 habitantes, apontando para a complexidade desta questão de saúde pública nacional. 22,23,27,40 Em relação a região SE, ter registrado a maior preponderância de registros de casos acumulados e novos de VOC do COVID-19, foi possível verificar correlação com o que se encontra identificado junto a literatura científica, quando é defendido que a referida região apresenta maior frequência absoluta de casos e, também, de óbitos registrados.…”

“…16,18,22,23,27 16.654,8 por 100.000 habitantes e mortalidade de 327,8 por 100.000 habitantes, apontando para a complexidade desta questão de saúde pública nacional. 22,23,27,40 Em relação a região SE, ter registrado a maior preponderância de registros de casos acumulados e novos de VOC do COVID-19, foi possível verificar correlação com o que se encontra identificado junto a literatura científica, quando é defendido que a referida região apresenta maior frequência absoluta de casos e, também, de óbitos registrados. 1,3,4,7,33,34,35 Para vários pesquisadores, a maior preponderância registrada na região SE está relacionada a vários fatores, por exemplo, a mesma se constituir enquanto a mais populosa e povoada do país, além de apresentar o maior Produto Interno Bruto (PIB) e o segundo maior PIB per capita, o que pode facilmente justificar, o fenômeno de sua intensa disseminação viral.…”

“…2,5,[21][22][23][24][25] Enquanto o cenário epidemiológico era heterogêneo em 2020, com a circulação de muitas linhagens, uma mudança significativa ocorreu com o surgimento do VOC Gamma, sendo que esta variante surgiu em Manaus (AM) em novembro de 2020 e, causou uma onda epidêmica do tipo maciça, nos meses seguintes, sendo a estimativa de uma taxa de ataque de cerca de 70%, próximo ao rebanho limiar de imunidade. 26,27 Nesse contexto e, durante o primeiro período de 2021, vários relatos indicavam que a disseminação da VOC Gamma para todas as regiões brasileiras, se tornou a principal linhagem impulsionadora da epidemia brasileira, sendo considerada consequência significativa, da predominância da VOC Gamma em todo o país, sendo também, o incremento considerável nas taxas de infecções e ainda, da letalidade. 26,27 A vacinação começou no Brasil em fevereiro de 2021, e cerca de 65% da população do país já havia recebido a primeira dose (1ª) e 25% a segunda (2ª) dose do imunobiológico, respectivamente, e assim, a alta prevalência de imunidade populacional, tanto do tipo natural quanto do tipo vacinal no Brasil, permitiu o surgimento de perigosos fenômenos para a saúde pública nacional.…”

“…26,27 Nesse contexto e, durante o primeiro período de 2021, vários relatos indicavam que a disseminação da VOC Gamma para todas as regiões brasileiras, se tornou a principal linhagem impulsionadora da epidemia brasileira, sendo considerada consequência significativa, da predominância da VOC Gamma em todo o país, sendo também, o incremento considerável nas taxas de infecções e ainda, da letalidade. 26,27 A vacinação começou no Brasil em fevereiro de 2021, e cerca de 65% da população do país já havia recebido a primeira dose (1ª) e 25% a segunda (2ª) dose do imunobiológico, respectivamente, e assim, a alta prevalência de imunidade populacional, tanto do tipo natural quanto do tipo vacinal no Brasil, permitiu o surgimento de perigosos fenômenos para a saúde pública nacional. 26,27,28 Neste contexto, foi possível perceber que as medidas de combate e controle implementadas nacionalmente, não foram capazes de impedir totalmente, o processo de disseminação comunitária da VOC Delta e, a consequente, a substituição gradual da linhagem VOC Gamma em todo o país, e assim, foi possível evidenciar que, a VOC Delta é mais transmissível que a VOC Gamma.…”