Quanto mais complexa a sociedade, maior a preocupação com a superação dos problemas de saúde pública que se julga, administrativamente, poderem ser solucionados por programas intersetoriais. É o caso do Programa Saúde na Escola, criado em 2007, a partir de recomendações de organismos internacionais, como tem se dado em várias políticas sociais, sob o manto da Nova Gestão Pública, no estado capitalista, em sua faceta neoliberal. Assim, apresenta-se como objetivo desta pesquisa compreender como se dá a atuação e o alcance dos Grupos de Trabalho Intersetorias do Programa Saúde na Escola. Os resultados que representam o Programa em estados e capitais de todas as regiões do país, apontam que há desafios para se efetivar o acompanhamento do Programa, considerando a atuação dos entes federados na aplicação dos recursos destinados ao atendimento dos objetivos propostos no Programa, e também de suas práticas concretas, no cotidiano das relações entre os setores saúde e educação, desde os Ministérios, até as Secretarias Municipais. Entre os pontos que são observados, utilizando-se a Abordagem do Ciclo de Políticas como ferramenta, está o fato de não haver avaliação sobre os resultados das ações implementadas, após 17 anos de criação do Programa.