Transcriptomic Analysis of Melanoma Cells Extracted From Different Sites of the Primary Tumor

Abstract

. For citation: Aksenenko M.B., Komina A.V., Palkina N.V., Averchuk A.S., Rybnikov Yu.A., Dyhno Yu.A., Ruksha T.G. transcriptomic analysis of melanoma cells extracted from different sites of the primary tumor. Siberian Journal of Oncology. 2018; 17 (4): 59-66. -doi: 10.21294/1814-4861-2018 Введение. Внутриопухолевая гетерогенность представляет собой характерную черту большинства злокачественных новообразований, в том числе и меланомы кожи. данное свойство является одним из препятствий для проведения эффективной таргетной терапии, поскольку у различных субклонов опухолевых клеток наблюдается вариабельная чувствительность к данным препаратам. С современ-ных позиций терапия злокачественных новообразований требует персонифицированного подхода для каждого конкретного пациента. цель исследования -оценка возможных различий между тканями меланомы, выделенными из различных участков первичной опухоли одного пациента на транскрип-томном уровне. материал и методы. В работе были использованы культуры клеток меланомы, полу-ченные из центральной и периферической частей первичной опухоли двух пациентов. Исследование транскриптомов клеток проводили методом микрочипирования с последующим биоинформатическим анализом. результаты. В клетках меланомы первого пациента, полученных из центрального и пери-ферического участков одной опухоли, не было выявлено различий по транскриптомному профилю. У второго пациента имели место существенные различия (по 2953 транскриптам из 48226). В клетках, полученных из центрального участка опухоли, выявлено повышение мРНК генов, кодирующих белки, ассоциированные с иммунным ответом опухоли, транспортные белки ABC-семейства, сигнальные молекулы класса цитокинов. В культуре клеток, выделенной из периферического участка этой же опу-холи, зарегистрировано увеличение уровня мРНК генов, кодирующих белки внеклеточного матрикса и воспалительного ответа. В целом различия между субклонами клеток второго пациента касались ряда сигнальных каскадов, играющих ведущую роль в онкогенезе (MApK, pI3K-Akt-mToR, VEGFA-VEGFR2 и др). заключение. Проведенное исследование позволяет оценить возможные различия между клетками внутри опухоли на транскрипционном уровне с целью поиска новых подходов для персонифицированной терапии.Ключевые слова: меланома, гетерогенность, транскриптом, микроокружение. TRANSCRIPTOMIC ANALYSIS OF MELANOMA CELLS EXTRACTED FROM DIFFERENT SITES OF THE PRIMARY TuMOR AbstractIntroduction. Intratumor heterogeneity is a characteristic feature for most malignant tumors, including cutaneous melanoma. This property represents one of the main obstacles for effective targeted therapy, due to the different sensitivity to chemotherapeutic agents on various tumor cells subclones. Treatment of malignant tumors requires an individual approach to choose the most appropriate treatment regimen. The purpose of the study was to evaluate differences in melanoma tissue samples obtained from different parts of one patient's primary tumor at the transcriptomic level. Material and Methods. Melanoma cell cultures obtained from...

The Role of microRNAs in Epigenetic Regulation of Signaling Pathways in Neurological Pathologies

“…Long non-coding RNAs control genome integrity, chromatin organization, gene expression, and signal transmission. It has been established and experimentally confirmed that the targeted action of non-coding RNAs on mRNA (in the form of complementary antisense oligonucleotides) can alter the expression levels of target genes [ 11 ].…”