Os marcadores moleculares são fenótipos moleculares provenientes de quaisquer segmentos expressos ou não de DNA que vem de herança genética e se prestam à diferenciação de um ou mais indivíduos. Pode-se classificá-lo em dois grupos: o primeiro, os marcadores são obtidos por hibridização e o segundo, os marcadores são obtidos por amplificação do DNA. Entre os identificados por hibridização estão os principais marcadores RFLP e os marcadores minissatélites, já para os marcadores por amplificação estão os mais utilizados RAPD, SCAR, STS, AFLP e SSR ou microssatélites. Diante do proposto, o presente estudo objetivou-se desenvolver uma revisão de literatura sobre os principais marcadores moleculares e suas respectivas informações. O trabalho busca sintetizar o conhecimento sobre os principais marcadores moleculares, pois a partir deles, é capaz de se fazer a detecção e a análise de polimorfismos genéticos que são de interesse em diversas áreas, pois podem auxiliar a compreender a base molecular de vários aspectos biológicos. Diante disso, torna-se útil o estudo por meio da revisão bibliográfica, mostrando o quão importante vem sendo os marcadores moleculares, pois podem detectar e a analisar os polimorfismos genéticos presentes em diversas espécies. E a partir do levantamento de periódicos dos últimos cinco anos, mostra que os marcadores RFLPs possuem o maior número de estudos feitos, seguido dos marcadores SSRs e os AFLPs. Novos estudos podem ser feitos levando em consideração mais anos para o levantamento, obtendo resultados mais concretos e detalhados.