O uso do solo e as atividades econômicas desenvolvidas em uma bacia hidrográfica afetam a qualidade da água. No presente trabalho, as concentrações e as cargas transportadas de algumas substâncias associadas à qualidade da água foram quantificadas na bacia hidrográfica do rio Duas Mamas, localizada no município de Schroeder, Santa Catarina. As concentrações determinadas foram comparadas com os padrões estabelecidos pela resolução CONAMA nº 357/2005 e relacionadas com classificação do uso e ocupação do solo. As coletas foram realizadas em quatro seções fluviométricas do rio principal e uma em um tributário, no período de setembro de 2007 a novembro de 2008. Foram determinadas as concentrações de parâmetros físico-químicos, microbiológicos e de vazão, sendo posteriomente calculadas as frequências de superação, concentrações médias, cargas diárias e cargas específica, relacionando-os com a classificação de uso e ocupação do solo. Notase que a concentração da maioria dos parâmetros analisados encontra-se em conformidade com a resolução do CONAMA. A preservação da mata nativa é fundamental para a manutenção da qualidade da água, já que foi a seção em mata nativa que apresentou melhor qualidade em relação aos parâmetros analisados. A urbanização, apesar de pequena, compromete a qualidade da água, pois foi a seção fluviométrica com esta influência, cujos resultados mais superaram os padrões estabelecidos na legislação. Além disto, na bacia hidrográfica rural, ações pontuais, como lançamentos de águas residuárias e a existência de corredeiras, podem interferir significativamente na qualidade da água do rio.Palavras-Chave: monitoramento ambiental, fluxo de poluentes, uso do solo e qualidade das águas.