Objetivo: comparar o custo-efetividade de dispositivos empregados na terapia endodôntica, por meio de microcusteio. Metodologia: foi realizada a comparação entre a técnica convencional, caracterizada pela instrumentação manual e odontometria convencional (Mn+OC), e as técnicas que incorporam: instrumentação mecanizada (Mc+OC), odontometria eletrônica (Mn+OE), e ambas (Mc+OE). Um painel de especialistas (n=5) delineou protocolos para cada técnica, sendo estabelecidos tempo clínico, materiais, equipamentos e recursos humanos. Os custos foram extraídos do Painel de Preços do Ministério da Gestão e da Inovação em Serviços Públicos do Brasil. O valor de cada item foi diluído segundo frequência e tempo de utilização. A hora clínica dos recursos humanos foi definida a partir da média salarial nacional para Endodontista e Auxiliar em Saúde Bucal. O somatório dos gastos com materiais, equipamentose recursos humanos foi obtido para cada técnica. Realizou-se uma análise econômica a partir de árvore de decisão para determinar o custo-efetividade. Resultados: Mc+OE apresentou o menor tempo clínico (1,12h), já Mn+OC o maior (2,47h). Em relação aos custos, Mn+OC apresentou o maior custo total (R$ 451,59) e maior gasto com recursos humanos (R$ 402,81), Mc+OC resultou no menor custo total (R$330,93) e a técnica Mc+OE o menor gasto com recursos humanos (R$ 182,38). Quanto à razão de custo-efetividade incremental, foi menor para Mc+OE (custo de R$ 66,53 por hora clínica adicional), já Mn+OC foi a maior (R$ 182,66/h). Conclusão: a incorporação de tecnologias à terapia endodôntica é recomendada diante do melhor custo-efetividade, quando comparadas àtécnica convencional.