Introducción: El trasplante alogénico de precursores hematopoyéticos (TAPH) es considerado como el tratamiento de elección para los pacientes menores de 40 años con síndromes de falla medular (SFM), así como para los pacientes mayores quienes han fallado al tratamiento inmunosupresor. Métodos: Se realizó un estudio retrospectivo de los pacientes pediátricos y adultos con diagnóstico de SFM sometidos a trasplante alogénico en una única institución de Bogotá (Colombia). El desenlace primario fue la supervivencia global (SG) a cinco años mediante el método de Kaplan-Meier. Se utilizó la prueba log-rank para determinar el efecto de varios factores sobre la SG. Se exploró la estancia hospitalaria, la presentación de enfermedad injerto contra huésped aguda (EICHa) grados II-IV y la falla secundaria del injerto. Resultados: Entre enero de 1993 y agosto de 2011 se realizaron 74 trasplantes en 70 pacientes. En 70 casos los donantes fueron hermanos HLA idénticos, en 3 se obtuvo de la sangre de cordón umbilical y en 1 fue a partir de un hermano haploidéntico. Los condicionamientos más utilizados fueron: Cy-Flu-ATG no mieloablativo (22), Cy-ATG (33) y Cy (12). Cuatro pacientes recibieron condicionamientos con alemtuzumab. Antes del 2004, la mayoría de los pacientes recibió profilaxis para EICH con Cs y MTX; después del 2004, se utilizó Cs y MMF. Dos pacientes murieron el día de la infusión de progenitores hematopoyéticos. Para el primer TAPH, el injerto de neutrófilos para los 68 pacientes se documentó en promedio a los 11.5 días, de manera similar entre los esquemas de acondicionamiento. Diez pacientes (14%) presentaron una falla secundaria del injerto, de quienes 5 murieron en promedio a los 178 días después del TAPH. De los 5 restantes, 2 se encuentran con dependencia transfusional y 3 fueron trasplantados exitosamente por segunda vez. La EICHa G II-IV se presentó en el 30%, del cual el 46.7% murió por complicaciones relacionadas; esta complicación fue más frecuente en los pacientes cuyos regímenes no incorporaban ATG. Para una mediana de seguimiento de 18.4 meses (rango 4.3-45.3), la SG fue del 69.1% y varió de acuerdo con el régimen de acondicionamiento (p = 0.0008). Con el condicionamiento no mieloablativo, se lograron unas estancias hospitalarias más cortas, los pacientes presentaron menos días de fiebre, se requirieron menos transfusiones y menos días de nutrición parenteral. No hubo diferencias significativas relacionadas con la edad (p = 0.67). Se observó una SG mayor pero no significativa en los pacientes tratados después del año 2004 (p = 0.38). Conclusiones: La presente experiencia demostró que el TAPH es una opción terapéutica primordial que ofrece una mejor SG para los pacientes con SFM, independientemente de la edad y el año de la realización, y sugiere una ventaja del condicionamiento no mieloablativo basado en fludarabina.