Este trabalho verificou a utilização do diagnóstico citológico, como método de identificação de afecções em cães e gatos domiciliados no município de Barra-BA atendidos no Hospital Veterinário Universitário (HVU) da Universidade Federal do Oeste da Bahia (UFOB). O estudo foi realizado a partir da análise de amostras citológicas relativas aos casos clínicos atendidos nos anos de 2018 e 2019. Foram atendidos 711 animais, desses contabilizadas 105 (101 caninos e 4 felinos - 59 fêmeas e 46 machos) solicitações do exame citológico. A maioria dos animais (28,57%) apresentavam de 6 a 10 anos, prevalecendo os animais Sem Raça Definida (62,38%). Os processos inflamatórios foram diagnosticados em 43,80% dos casos, identificados como de causa infecciosa em 86,90% (30% por Leishmania spp., 27,5% infecções bacterianas, 27,5% pela levedura Malassezia spp. e outros 15% por associação deste fungo a bactérias). Os processos inflamatórios de origem não infecciosa foram registrados em 13,10% casos (84% infiltrados de células inflamatórias e 16% como dermatite por lambedura). Observou-se processos não inflamatórios em 19,05% das amostras, sendo 95% de origem neoplásica, (63,15% TVT, 21,05% Carcinoma de Células Escamosas, 10,05% Adenocarcinoma e 5,30% Tricoblastoma). Já entre os processos não inflamatórios e não neoplásicos (5%) diagnosticou-se um cisto epidérmico (100%). A aplicabilidade do diagnóstico citológico em cães e gatos denota importância uma vez que, auxiliou médicos veterinários na confirmação de suspeitas clínicas, permitindo a emissão de laudos diagnósticos, estabelecimento de tratamentos e dados epidemiológicos que possibilitam a implantação de medidas de controle das enfermidades.