Поступила в редакцию 14.04.2017 г. После доработки 16.06.2017 г.Проведен сравнительный анализ экологического состояния акваторий Севастопольской и Южной бухт по уровню трофности с использованием индекса E-TRIX, являющегося инте-гральным комплексным показателем, связанным с характеристиками первичной продукции фитопланктона (содержание фотосинтетических пигментов, в основном хлорофилла а) и кон-центрацией биогенных веществ. Рассчитана годовая динамика биогенных элементов с исполь-зованием одномерного варианта откалиброванной для данных акваторий модели качества во-ды. Проведено сравнение годовых изменений индекса E-ТRIX для обеих бухт, рассчитаны ко-эффициенты корреляции E-TRIX с параметрами индекса, дана оценка вкладов входящих в E-TRIX параметров.Моделирование годового хода биогеохимических параметров Севастопольской и Южной бухт и дальнейший расчет индекса E-TRIX показали, что в среднем более высокий уровень эвтрофирования имеет Южная бухта: E-TRIXср. = 4,47. В Севастопольской бухте среднее зна-чение E-TRIXср. = 4,01. Максимальные значения индекса достигали 5,53 для Южной и 4,55 для Севастопольской бухты. Однако в период, когда уровень концентрации фосфатов -основных лимитирующих биогенных элементов -в Севастопольской бухте выше, чем в Южной (начало июля -середина августа), показатель трофности у Южной бухты становится ниже, чем у Сева-стопольской.Расчет относительного вклада компонентов, входящих в расчетную формулу E-TRIX, пока-зал, что основным фактором, определяющим уровень трофности вод Севастопольской и Юж-ной бухт, является концентрация минеральных форм азота. Вклады остальных компонентов, входящих в расчетную формулу E-TRIX, равнозначны.Ключевые слова: уровень трофности, индекс E-TRIX, модель качества воды, Севастопольская бухта, Южная бухта.