This study addresses the influence of water-level fluctuations on fish distribution at two temporal scales: seasonal (dry and rainy) and interannual (low and high volume conditions). The analysis of abundance relationships among three zooplanktivore Chirostoma species at fifteen sites in Lake Chapala, Mexico, revealed the significant influence of contrasting conditions (P=0.0002). Seasonally, segregation was more related to species dominance in the dry season and exclusively related to environmental characteristics in the rainy season. Interanually, biotic influence occurred in the shallowest and the deepest episodes of the lake. Environmental characteristics influenced species distribution when the lake reached 25% of its volume. Site, depth, temperature, and salinity were the leading factors influencing fish distribution. These results emphasize the necessity to implement different management strategies according to lake volume, particularly when a critical threshold is reached.El presente estudio describe la influencia que tiene la fluctuación del nivel del agua en la distribución de los peces a dos diferentes escalas: estacional (estiaje y lluvias) e interanual (condiciones de bajo y alto volumen). El análisis de las relaciones de abundancia entre tres especies zooplanctófagas de Chirostoma en quince sitios del Lago de Chapala, México, reveló una influencia estadísticamente significativa en las condiciones contrastantes (P=0.0002). Estacionalmente, la segregación estuvo más relacionada a la dominancia de las especies en la época de estiaje y exclusivamente relacionada a las características ambientales en la época de lluvias. Interanualmente, la influencia biótica se presenta en los episodios más someros y más profundos del lago. Las características ambientales influenciaron la distribución de las especies cuando el lago alcanzó el 25% de su volumen. El sitio geográfico, profundidad, temperatura y salinidad fueron los principales factores que influenciaron la distribución de los peces. Estos resultados enfatizan la necesidad de implementar diferentes estrategias de manejo de acuerdo al volumen del lago, particularmente cuando se alcanza un umbral crítico.