Um sistema para auxiliar na seleção de regiões específicas de sequências biológicas

Abstract

O Problema da Seleção de Segmentos Específicos recebe como entrada duas ou mais sequências de DNA e devolve como saída o menor segmento de uma das sequências que possui pelo menos k diferenças com relação a todos os segmentos das outras sequências. Esse problema é recorrente na Biologia, e sua solução pode ser utilizada, por exemplo, no desenho de primers específicos, que permite, usando a técnica de PCR, uma amplificação exata de regiões específicas de DNA em laboratório. Dada a importância dessas regiões específicas na detecção e no diagnóstico de doenças infecciosas, nós apresentamos neste artigo o desenvolvimento de uma aplicação WEB cliente/servidor que pode ajudar pessoas interessadas na seleção de segmentos específico de sequências genômicas. Nossa aplicação usa dois algoritmos que resolvem o Problema do Primer com k diferenças, escolhidos experimentalmente dentre quatro que foram implementados e avaliados por nós.