Este estudo teve como objetivo analisar a influência das dimensões da organização inovadora na adoção de práticas de gestão de custos mediada pelo processo de incubação de empresas. Para isso, foram coletados dados a partir de questionário direcionado a uma população de 787 empresas que receberam auxílio financeiro para o desenvolvimento de inovações por meio programas e institutos de apoio ao desenvolvimento de inovações, entre os anos 2009 e 2016. O instrumento englobava as dimensões da organização inovadora (compromisso com a inovação, comunicação, ambiente físico, inovação e tecnologia, pessoas, aprendizagem organizacional, meio ambiente, atuação em equipe e estrutura organizacional), bem como as práticas de gestão de custos (margem de contribuição, custeio variável, custeio por absorção, custo padrão, custos da qualidade, gestão baseada em atividades, kaizen, custeio meta e custeio baseado em atividades), além de outros aspectos, como os relacionados ao processo de incubação. A partir de uma amostra de 97 empresas e do uso de análise descritiva e Modelagem de Equações Estruturais, identificou-se a utilização com maior intensidade de práticas de gestão de custos tradicionais, em detrimento das modernas, com destaque para margem de contribuição. Além disso, não se pode aceitar a hipótese de que a passagem das empresas por incubadoras de empresas poderia mediar a adoção de práticas de gestão de custos em organizações inovadoras, em função da baixa significância do processo de incubação na adoção dessas práticas, do baixo poder explicativo, ou até inverso, que este processo exerce sobre a adoção de tais práticas. Estes resultados podem indicar um gap no suporte,capacitação e consultoria ofertados pelas incubadoras quanto à gestão de custos e suas práticas.