Introducción: El manejo sustentable de los oasis requiere conocimiento de las condiciones de composición y diversidad de las especies que lo habitan. Objetivo: Estimar y comparar la diversidad y estructura de la vegetación en los estratos arbóreo, arbustivo y herbáceo del oasis San Ignacio, Baja California Sur, México.Materiales y métodos: Se ubicaron 140 sitios circulares (500 m2) de manera aleatoria, sobre los cuales se anidaron sitios de 20 m2 y 1 m2 para el registro de la vegetación en los estratos herbáceo, arbustivo y arbóreo. Los índices riqueza de especies, Shannon-Wiener, Simpson, Pielou y valor de importancia de las especies se utilizaron para estimar la diversidad vegetal en los estratos y caracterizar su estructura.Resultados y discusión: Se contabilizaron 53 taxones distribuidos en 17 órdenes, 25 familias y 47 géneros. La riqueza, diversidad y homogeneidad fueron mayores en el estrato herbáceo (S = 41, H´ = 3.21, J´ = 8.64, respectivamente) y menores en el estrato arbóreo (S = 21, H´ = 2.01, J´= 0.688). En lo que respecta al índice del valor de importancia, la especie con mayor peso ecológico en el estrato herbáceo fue Prosopis articulata S. Watson (33.35 %), en el arbustivo Cylindropuntia alcahes (F. A. B. Weber) F. M. Kunth (65.60 %) y en el arbóreo Phoenix dactylifera L. (92.94 %). Conclusiones: La riqueza y diversidad de la vegetación fueron superiores en el estrato herbáceo. Este estudio representa una línea base de indicadores útil para la evaluación de los cambios generados por eventos naturales o antropogénicos en el oasis San Ignacio.