Updated molecular phylogenetic data for Opisthorchis spp. (Trematoda: Opisthorchioidea) from ducks in Vietnam

Abstract

BackgroundAn opisthorchiid liver fluke was recently reported from ducks (Anas platyrhynchos) in Binh Dinh Province of Central Vietnam, and referred to as “Opisthorchis viverrini-like”. This species uses common cyprinoid fishes as second intermediate hosts as does Opisthorchis viverrini, with which it is sympatric in this province. In this study, we refer to the liver fluke from ducks as “Opisthorchis sp. BD2013”, and provide new sequence data from the mitochondrial (mt) genome and the nuclear ribosomal transcription unit. A phylogenetic analysis was conducted to clarify the basal taxonomic position of this species from ducks within the genus Opisthorchis (Digenea: Opisthorchiidae).MethodsAdults and eggs of liver flukes were collected from ducks, metacercariae from fishes (Puntius brevis, Rasbora aurotaenia, Esomus metallicus) and cercariae from snails (Bithynia funiculata) in different localities in Binh Dinh Province. From four developmental life stage samples (adults, eggs, metacercariae and cercariae), the complete cytochrome b (cob), nicotinamide dehydrogenase subunit 1 (nad1) and cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1) genes, and near-complete 18S and partial 28S ribosomal DNA (rDNA) sequences were obtained by PCR-coupled sequencing. The alignments of nucleotide sequences of concatenated cob + nad1 + cox1, and of concatenated 18S + 28S were separately subjected to phylogenetic analyses. Homologous sequences from other trematode species were included in each alignment.ResultsPhylogenetic trees were inferred from concatenated (cob + nad1 + cox1) nucleotide sequences and combined 18S + 28S nucleotide sequences of five Opisthorchis sp. BD2013 samples and additional reference taxa. Both trees demonstrated the anticipated clustering of taxa within the superfamily Opisthorchioidea, the paraphyly of the genus Opisthorchis and the sister-species relationship of Opisthorchis sp. BD2013 with O. viverrini.ConclusionsWhile it is likely that Opisthorchis sp. BD2013 is distinct from O. viverrini, it is clearly a sister taxon of O. viverrini within the limited number of Opisthorchis species for which appropriate sequence data are available. The new sequences provided here will assist the diagnosis and the taxonomic clarification of the opisthorchiid species.

Heterophyid trematodes (Digenea) from penguins: A new species of Ascocotyle Looss, 1899, first description of metacercaria of Ascocotyle (A.) patagoniensis Hernández-Orts, Montero, Crespo, García, Raga and Aznar, 2012, and first molecular data

“…auratus bBrazilMF972527Borges et al (Unpublished data) Stellantchasmus falcatus Onji & Nishio, 1916A Homo sapiens LinnaeusVietnamHM004174Thaenkham et al (2010) Stictodora sp.M Chelon saliens (Risso)dOff ItalyKU559563Masala et al (2016) Opisthorchiidae Looss, 1899 Clonorchis sinensis Looss, 1907A H . sapiens VietnamJF823989Thaenkham et al (Unpublished data) Opisthorchis noverca Braun, 1902A Sus scrofa domestica ErxlebenMeghalaya, IndiaKC295443Tandon et al (Unpublished data) Opisthorchis viverrini Poirier, 1886A Puntius brevis (Bleeker)ThailandHM004188Thaenkham et al (Unpublished data) Opisthorchis sp.A“duck”Binh Dinh, VietnamMF110001Dao et al (2017) Cryptogonimidae Ward, 1917 Cryptogonimidae gen. sp.M Paralichthys patagonicus JordanSan Matias Gulf, ArgentinaMK359083Present study Adlardia novaecaledoniae Miller, Bray, Goiran, Justine & Cribb, 2009A Nemipterus furcosus (Valenciennes)New CaledoniaFJ788496Bray et al (2009) Acanthostomum burminis (Bhalerao; 1926)…”

Structure and characterization of the ribosomal transcription units of small liver flukes, Opisthorchis viverrini, O. Felineus and Clonorchis sinensis

“…Đến nay, chưa có bất kỳ dữ liệu gen của toàn bộ đơn vị sao chép gen (rDNA/rTU) của các loài này, kể cả từ mẫu Việt Nam và mẫu thế giới, mặc dù một số vùng gen ribosome riêng biệt (18S, 28S hoặc vùng giao gen ITS) đã được thu nhận và sử dụng trong nghiên cứu chẩn đoán và dịch tễ học (Thaenkham et al, 2011;Tkach et al, 2016;Dao et al, 2017;Le et al, 2017…”

“…Sử dụng chuỗi rDNA để phân tích cấu trúc, sắp xếp gen, vùng biên, nội gen và vùng giao gen. Các chương trình ChromasPro, BioEdit, GENEDOC2.7 đã được sử dụng để thu nhận, xử lý, phân tích các chuỗi nucleotide, đặc điểm các gen ribosome (18S, 5.8S, 28S) và vùng giao gen (internal transcribed spacer, ITS) gồm ITS1 và ITS2 và vùng bản lề IGS. Độ dài từng gen được xác định dựa vào các công bố trước đây (Zheng et al, 2014;Briscoe et al, 2016;Le et al, 2017;Dao et al, 2017). Các cấu trúc chuỗi nucleotide lặp được xác định bằng phần mềm Tandem Repeats Finder (Benson, 1999…”

“…Gen 5.8S và các vùng giao gen (ITS1 và ITS2), cũng như một phần IGS cũng đã được xác định. Chuỗi nucleotide của các gen ribosome chính, 18S và 28S được sử dụng trong so sánh chuỗi thực hiện nghiên cứu mối quan hệ về loài trong một họ và trong một lớp (class) phân định rõ ràng và tin tưởng vị trí phân loại của các loài với nhau (Olson et al, 2003;Lokyer et al, 2003;Thaenkham et al, 2011;Dao et al, 2017;Le et al, 2017). Việc sử dụng đơn phương chuỗi gen ribosome hoặc cùng kết hợp với phân tích gen ty thể đã giúp việc phân loại, chẩn 1110 11 9 Zheng et al, 2014;Le et al, 2017).…”

“…Điều này khuyến cáo về sự thận trọng khi sử dụng chuỗi ITS để xác định nội và ngoại loài, vì chúng thực sự không thích hợp khi phân tích phả hệ ở mức độ tiến hóa cao, do sự có mặt của các cấu trúc lặp làm thay đổi so sánh và độ tin tưởng (Blair et al, 2006;Tatonova et al, 2012;Le et al, 2017). Tuy nhiên, chuỗi gen 18S và 28S (phần đầu 5') là có thể xem xét phân tích phả hệ, do trong chuỗi 18S và 28S không có cấu trúc lặp và chỉ có các sai khác có tính chất chỉ thị phân tử phân biệt loài (Olson et al, 2003;Blair et al, 2006;Thaenkham et al, 2011;Le et al, 2017;Dao et al, 2017).…”