Usefulness of MLPA in the detection of SHOX deletions

Abstract

SHOX haploinsufficiency causes a wide spectrum of short stature phenotypes, such as Leri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and disproportionate short stature (DSS). SHOX deletions are responsible for approximately two thirds of isolated haploinsufficiency; therefore, it is important to determine the most appropriate methodology for detection of gene deletion. In this study, three methodologies for the detection of SHOX deletions were compared: the fluorescence in situ hybridization (FISH), microsatellite analysis and multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Forty-four patients (8 LWD and 36 DSS) were analyzed. The cosmid LLNOYCO3'M'34F5 was used as a probe for the FISH analysis and microsatellite analysis were performed using three intragenic microsatellite markers. MLPA was performed using commercial kits. Twelve patients (8 LWD and 4 DSS) had deletions in SHOX area detected by MLPA and 2 patients generated discordant results with the other methodologies. In the first case, the deletion was not detected by FISH. In the second case, both FISH and microsatellite analyses were unable to identify the intragenic deletion. In conclusion, MLPA was more sensitive, less expensive and less laborious; therefore, it should be used as the initial molecular method for the detection of SHOX gene deletion.

A SHOX géndeletio előfordulása idiopáthiás alacsonynövésben. Multicentrikus tanulmány

“…Ilyen típusú gén-hibát az érintettek körülbelül 70-75%-ában lehet igazolni. Az MLPA reakcióelegye több próbát tartalmaz, amelyek biztosítják a teljes PAR1 és SHOX genomiális régió felmérését egyetlen vizsgálat keretében [1,8].…”

“…Rövidítések BMI = testtömeg index; ISS = idiopáthiás alacsonynövés; LS = Langer-szindróma; LWS = Leri-Weill dyschondrosteosis-szindróma; MLPA = multiplex ligációs próba amplifikálás; NS = nem szignifikáns; PAR1 = X (Xp22.3) és Y (Zp11.3) kromoszómák pszeudoautoszomális régi-ója; SHOX gén = az X kromoszómán elhelyezkedő alacsonynövésért felelős homeobox gén; SD = standard deviáció; TF = Turner fenotípusú, de normális karyotypusú betegek A SHOX gén izolált haploinsufficientiája az alacsonynö-vést eredményező monogénes elváltozások leggyakoribb oka [1]. A SHOX-eltérés okozta klinikai kép súlyossága változó, az egyéb tünetet alig mutató alacsonynövéstől a csontrendszer kifejezett érintettségével járó fenotípusig.…”

“…Utóbbi kórkép markáns tünete az úgynevezett Madelung-deformitás. A Turner-szindró-mára jellemző kromoszómaeltérés miatt a SHOX-deficientia a betegek csaknem 100%-ában kimutatható [1,4,10,11]. A SHOX gén homozigóta eltérése a Langerszindrómát (LS) eredményezi, amely egy rendkívül ritka és súlyos tünetegyüttes, jelentős növekedési elmaradással és az ulna, illetve fibula hypo-és/vagy aplasiájával társul.…”

Microdeletion and mutation analysis of the SHOX gene in patients with idiopathic short stature with FISH and sequencing

“…Depending on the recommendation of the sequencing procedure, twenty-four patients with ISS who were admitted to give peripheral blood samples for this purpose were analyzed (exons 2, 3, 4, 5, and 6) and none of them revealed any mutation (1,3,4,13,14,19). The prevalence of the point mutations of the SHOX gene reported from different studies has high variability.…”

“…All the patients were diagnosed with ISS according to following criteria: 1) height below 3rd percentile or -2 SDs with normal body proportions; 2) normal growth hormone levels and normal response to growth hormone stimulation tests; 3) normal karyotype; 4) absence of congenital skeletal abnormalities or dysmorphic features; 5) absence of chronic, metabolic, and systemic diseases or nutritional problems; and 6) normal parental height (1)(2)(3)(4)8,(11)(12)(13)(14)(15). Appropriate written informed consent was obtained and study participants were screened for microdeletions and/or mutations in the SHOX gene.…”