Using Laboratory Information Management Systems as central part of a proteomics data workflow

Abstract

The organization and storage of proteomics data are challenging issues today and even more for the rising amount of information in the future. This review article describes the advantages of using Laboratory Information Management Systems (LIMS) in proteomics laboratories. Seven typical LIMS are explored in detail to describe their role in an even bigger interrelation. They are a central part of the proteomics data workflow, starting with data generation and ending with the publication in journals and repositories. Therefore, they enable community‐wide data utilization and further Systems Biology discoveries.

Aggregated time-operation model for assessment of information threat combating efficiency in large information systems

“…При этом если система защиты информа-ции объекта не обладает достаточно эффективными силами и средствами противодействия новой информационной угрозе, то возникает необходимость в поиске и привлечении допол-нительных сил и средств защиты с последующим принятием решения об их применении. Действия сил и средств защиты информации по ликвидации информационной угрозы (операция О 4 ) в случае известной угрозы осуществляются автоматически и занимают непро-должительное время 4  . Если угроза неизвестна, то время 4  может быть существенно уве-личено.…”

“…Особую значимость ре-шение этой задачи приобретает в случае возникновения новых, ранее неизвестных угроз, что объясняется увеличением времени на организацию противодействия новой угрозе. Дополни-тельные временные затраты обусловлены следующими факторами [1, 2]:-необходимостью распознавания новой информационной угрозы, степени ее опасно-сти и возможных направлений воздействия на информационную систему объекта;-необходимостью оценки возможностей существующих сил и средств защиты ин-формации для ликвидации угрозы;-необходимостью поиска и привлечения дополнительных сил и средств защиты ин-формации (если имеющиеся не способны осуществить защиту).Большие информационные системы (например, государственные информационные сис-темы -ГИС) состоят из множества информационных структур, разнесенных, как правило, в пространстве на значительные расстояния [3][4][5][6][7]. Одновременное воздействие на все элемен-ты ГИС представляется затруднительным.…”

“…Большие информационные системы (например, государственные информационные сис-темы -ГИС) состоят из множества информационных структур, разнесенных, как правило, в пространстве на значительные расстояния [3][4][5][6][7]. Одновременное воздействие на все элемен-ты ГИС представляется затруднительным.…”

Enabling Computational Proteomics by Public and Local Data Management Systems

“…[47][48][49] An excellent summary of currently available proteomics data management systems for local use can be found in 2 recent reviews. 50,51 The second level to data management involves the propagation of proteomics results into public repositories. This level is of growing importance because journals are increasingly demanding that proteomics data be made publicly available through such repositories in support of submitted manuscripts, thereby enabling both public evaluation and integration of the reported results.…”

Method for Tracking Core-Contributed Publications

“…3,4 Laboratory information management systems (LIMS) have helped cores overcome the challenges associated with certain types of data management, such as managing experimental workflows and accompanying large datasets, scheduling instruments, billing systems, inventories, instrument use, performance, and even environmental metrics, such as room temperature and humidity. 5,6 However, tracking core-contributed publications and the ability to generate data on appropriately cited work have been difficult. Here, we present our method for tracking core-contributed publications.…”