Las bacterias espiroquetas Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) y Leptospira spp. ocasionan la borreliosis de Lyme y leptospirosis, respectivamente, ambas enfermedades zoonóticas de importancia en salud pública. En sus respectivos ciclos epidemiológicos, los pequeños roedores son hospedadores accidentales y reservorios naturales de estas bacterias. Se capturaron pequeños roedores en las comunidades marginadas de Chan San Antonio y Sucopó, ubicadas en la zona oriente de Yucatán, México. Se tomaron muestras de vejiga, oreja y riñón y se utilizaron para la extracción del ácido desoxirribonucleico (ADN) genómico que se empleó para la búsqueda de ADN de B. burgdorferi s.l. y Leptospira spp. Se capturaron un total de 82 roedores de las especies Mus musculus, Rattus rattus y Heteromys gaumeri. En las muestras estudiadas no se encontró ADN de B. burgdorferi s.l. La infección con Leptospira spp. fue de 1,21 % (1/82). El único individuo positivo perteneció a la especie M. musculus. Se concluye que, si bien la frecuencia de infección con Leptospira spp. fue baja y que no se encontró evidencia de ADN de B. burgdorferi s.l. en la población estudiada de roedores, no puede descartarse su participación como hospederos accidentales o reservorios en los respectivos ciclos de transmisión de los géneros bacterianos evaluados.