Validated prediction of clinical outcome in sarcomas and multiple types of cancer on the basis of a gene expression signature related to genome complexity

Abstract

Sarcomas are heterogeneous and aggressive mesenchymal tumors. Histological grading has so far been the best predictor for metastasis-free survival, but it has several limitations, such as moderate reproducibility and poor prognostic value for some histological types. To improve patient grading, we performed genomic and expression profiling in a training set of 183 sarcomas and established a prognostic gene expression signature, complexity index in sarcomas (CINSARC), composed of 67 genes related to mitosis and chromosome management. In a multivariate analysis, CINSARC predicts metastasis outcome in the training set and in an independent 127 sarcomas validation set. It is superior to the Fédération Francaise des Centres de Lutte Contre le Cancer grading system in determining metastatic outcome for sarcoma patients. Furthermore, it also predicts outcome for gastrointestinal stromal tumors (GISTs), breast carcinomas and lymphomas. Application of the signature will permit more selective use of adjuvant therapies for people with sarcomas, leading to decreased iatrogenic morbidity and improved outcomes for such individuals.

Smooth muscle differentiation identifies two classes of poorly differentiated pleomorphic sarcomas with distinct outcome

“…13 As described previously, genomic profiles were divided into groups: a first group with few alterations mainly involving the full chromosome arm or entire chromosomal gain or loss and a second group with a high level of chromosomal complexity. The first group was called the 'complex/ arm-type' genomic profile, and the second group, the 'complex/rearranged-type' genomic profile.…”

Uterine smooth muscle tumor analysis by comparative genomic hybridization: a useful diagnostic tool in challenging lesions

“…[13][14][15] Recently, a signature associated with instability and chromosomal complexity predictive of metastatic relapse in soft tissue sarcoma was published by our team. 16 We demonstrated that this signature, based on expression profiles (CINSARC) was closely linked to the level of rearrangement of the tumoral genome in gastrointestinal stromal tumor, and created a way to identify a genomic signature combining the number and the type of tumoral genomic alterations evaluated by array-CGH. The genomic signature (genomic index) is a powerful predictor of metastatic relapse, as is the CINSARC signature.…”

Prédiction du risque métastatique dans les sarcomes : une nouvelle approche

“…Une nouvelle signature moléculaire de l'évolution métastatique dans les sarcomes ayant des réarrangements chromosomiques complexes Dans l'étude que nous venons de publier [5], nous avons pu identifier une signature pronostique par une approche originale partant de mécanismes biologiques propres aux tumeurs. Ainsi cette signature, bien qu'identifiée dans les sarcomes, semble applicable à l'ensemble des cancers.…”

“…Dans la majorité des études, ces gènes sont identifiés en comparant les profils d'expression (niveaux d'expression de l'ensemble des gènes de la tumeur) des tumeurs ayant développé des métastases (tumeurs agressives) aux profils des tumeurs n'en ayant pas développé. Bien qu'efficace, cette approche présente l'inconvénient de produire des résultats dont la reproductibilité peut être remise en question et dont la signification biologique reste limitée [10].Une nouvelle signature moléculaire de l'évolution métastatique dans les sarcomes ayant des réarrangements chromosomiques complexes Dans l'étude que nous venons de publier [5], nous avons pu identifier une signature pronostique par une approche originale partant de mécanismes biologiques propres aux tumeurs. Ainsi cette signature, bien qu'identifiée dans les sarcomes, semble applicable à l'ensemble des cancers.…”