Introducción: La empatía es uno de los componentes de la estructura de la humanización en la atención de los pacientes. Los médicos especialistas deben tener altos niveles de empatía. Objetivo. El objetivo del presente trabajo es describir los niveles de empatía en médicos que trabajan en un hospital de alta complejidad y explorar diferencias entre las especialidades estudiadas. Métodos: Muestra por conveniencia de 237 médicos que representa el 53,55 % del total poblacional (N=443). La empatía fue medida mediante la Escala de Empatía para Profesionales de la Salud. Se realizó análisis factorial confirmatorio y análisis multigrupo para examinar la invarianza del modelo entre los sexos y análisis de confiabilidad (α de Cronbach, coeficiente de correlación intraclase y ω de McDonald). Resultados: La especialidad de pediatría tuvo los niveles más altos en la empatía general y en las dimensiones Cuidado con compasión y “Caminando en los zapatos del paciente”, no así en la dimensión Toma de perspectiva donde presenta niveles semejantes a las especialidades de anestesiología, medicina crítica y terapia intensiva, y ginecología. Conclusión: Los valores de la empatía y los valores en las subescalas Cuidado con compasión y “Caminando en los zapatos del paciente” fueron (en valores absolutos, pero no estadísticos) mayores en la especialidad de Pediatría. En la subescala Toma de perspectiva, las especialidades de Pediatría, Anestesiología, Cirugía y Clínica se observaron puntuaciones prácticamente iguales. Se requieren otros estudios que permita arribar a una explicación que permita entender por qué algunas especialidades tienen valores de empatía mayores que otras.