La presencia de agrupaciones del crimen organizado transnacional junto a otros aspectos en el contexto penitenciario y las condiciones de infraestructura y de dotación de los centros de rehabilitación social que se conjugan con la sobrepoblación que ocasiona el hacinamiento, se ubican como las principales causas de la crisis del sector penitenciario que ha traído como consecuencia situaciones de extrema violencia. La investigación realizada se enmarca en el estudio de la crisis carcelaria como un problema global, y tiene como objetivo realizar un análisis de la crisis penitenciaria en el Ecuador y la intervención de la cooperación internacional como un mecanismo para coadyuvar en asuntos de seguridad interna, especialmente mediante el apoyo a la lucha contra el crimen transnacional organizado, el cual se ha infltrado en los centros de privación de la libertad. Mediante el empleo del método de análisis documental, se ha procurado el estudio de la situación carcelaria, la incidencia del crimen organizado y la necesidad de plantear soluciones en la esfera de la cooperación internacional; particularmente se describen los aspectos más relevantes del Programa de Asistencia contra el Crimen Transnacional Organizado Europa Latinoamérica procurando mostrar las posibles soluciones a la crisis descrita. Como conclusión, se muestra la relación existente entre distintos flagelos como la corrupción y la vulneración de los derechos humanos como aspectos que deberán ser atendidos.